Automated MAD and MIR structure solution.
Automated MAD and MIR structure solution.
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DOI：
10.1107/s0907444999000839
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发表时间：
1999-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Berendzen J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Terwilliger TC;Berendzen J
一个完全自动化的程序解决MIR和MAD结构已经开发出使用评分计划转换成一个优化问题的结构解决方案的过程。从X射线衍射数据中获得电子密度图可能是困难和耗时的，即使在数据已经收集之后，这主要是因为MIR和MAD结构测定目前需要对试验重原子部分结构的质量进行许多主观评估，然后才能获得正确的重原子溶液。本文提出了一套评价大分子晶体学中重原子部分溶液质量的准则。这使得晶体结构解决方案的过程转化为优化问题，并允许其自动化。SOLVE软件已被用来解决MAD数据集多达52硒网站的不对称单位。开发的自动化结构求解过程是迈向基因组规模结构确定所需的全自动结构确定、模型构建和细化程序的重要一步。
A fully automated procedure for solving MIR and MAD structures has been developed using a scoring scheme to convert the structure-solution process into an optimization problem. Obtaining an electron-density map from X-ray diffraction data can be difficult and time-consuming even after the data have been collected, largely because MIR and MAD structure determinations currently require many subjective evaluations of the qualities of trial heavy-atom partial structures before a correct heavy-atom solution is obtained. A set of criteria for evaluating the quality of heavy-atom partial solutions in macromolecular crystallography have been developed. These have allowed the conversion of the crystal structure-solution process into an optimization problem and have allowed its automation. The SOLVE software has been used to solve MAD data sets with as many as 52 selenium sites in the asymmetric unit. The automated structure-solution process developed is a major step towards the fully automated structure-determination, model-building and refinement procedure which is needed for genomic scale structure determinations.
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DOI：
10.1107/s0108767387099999
发表时间：
1987-01-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION A
影响因子：
--
作者：
TERWILLIGER, TC;KIM, SH;EISENBERG, D
通讯作者：
EISENBERG, D
DOI：
10.1107/s0365110x61003442
发表时间：
1961-01-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA
影响因子：
--
作者：
DICKERSON, R;KENDREW, JC;STRANDBERG, BE
通讯作者：
STRANDBERG, BE
DOI：
10.1107/s0907444998012657
发表时间：
1999-02-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Terwilliger, TC;Berendzen, J
通讯作者：
Berendzen, J
影响因子：
5.7
作者：
Rost, B
通讯作者：
Rost, B
DOI：
10.1107/s0108767383001592
发表时间：
1983-01-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION A
影响因子：
--
作者：
TERWILLIGER, TC;EISENBERG, D
通讯作者：
EISENBERG, D