Precision Tracing of Household Dengue Spread Using Inter- and Intra-Host Viral Variation Data, Kamphaeng Phet, Thailand.
Precision Tracing of Household Dengue Spread Using Inter- and Intra-Host Viral Variation Data, Kamphaeng Phet, Thailand.
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使用宿主间和宿主内病毒变异数据对家庭登革热传播进行精确追踪，泰国甘榜府。
DOI：
10.3201/eid2706.204323
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发表时间：
2021-06
影响因子：
11.8
通讯作者：
Jarman RG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Berry IM;Melendrez MC;Pollett S;Figueroa K;Buddhari D;Klungthong C;Nisalak A;Panciera M;Thaisomboonsuk B;Li T;Vallard TG;Macareo L;Yoon IK;Thomas SJ;Endy T;Jarman RG
登革热控制方法最好通过这些病毒的颗粒空间流行病学来了解，但在分析病例计数，血清学或基因组共有序列数据时，家庭间和家庭内传播的重建是有限的。为了确定病毒在更精细的空间尺度上的传播，我们在泰国甘榜府的一项前瞻性集群研究中，将基因组离散性状分析扩展到了房屋到房屋传播的重建。对于额外的分辨率和传输确认，我们映射登革宿主内单核苷酸变异的这些时间尺度的同源性的类群。这种方法证实了19个家庭传播，并显示登革热在这些社区的家庭之间平均每天传播7000万人。我们描述了一个进化生物学框架，解决登革热的传播，不能区分的基础上流行病学和共识基因组数据。该框架可用作公共卫生工具，为控制方法提供信息，并能够精确追踪登革热传播。
Dengue control approaches are best informed by granular spatial epidemiology of these viruses, yet reconstruction of inter- and intra-household transmissions is limited when analyzing case count, serologic, or genomic consensus sequence data. To determine viral spread on a finer spatial scale, we extended phylogenomic discrete trait analyses to reconstructions of house-to-house transmissions within a prospective cluster study in Kamphaeng Phet, Thailand. For additional resolution and transmission confirmation, we mapped dengue intra-host single nucleotide variants on the taxa of these time-scaled phylogenies. This approach confirmed 19 household transmissions and revealed that dengue disperses an average of 70 m per day between households in these communities. We describe an evolutionary biology framework for the resolution of dengue transmissions that cannot be differentiated based on epidemiologic and consensus genome data alone. This framework can be used as a public health tool to inform control approaches and enable precise tracing of dengue transmissions.
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影响因子：
48
作者：
Karst, Soren M.;Ziels, Ryan M.;Albertsen, Mads
通讯作者：
Albertsen, Mads
影响因子：
5.4
作者：
Jarman, Richard G.;Holmes, Edward C.;Endy, Timothy P.
通讯作者：
Endy, Timothy P.
影响因子：
11.8
作者：
Fischer, Gayle E.;Schaefer, Melissa K.;Holmberg, Scott D.
通讯作者：
Holmberg, Scott D.
DOI：
10.1126/science.1259657
发表时间：
2014-09-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gire SK;Goba A;Andersen KG;Sealfon RS;Park DJ;Kanneh L;Jalloh S;Momoh M;Fullah M;Dudas G;Wohl S;Moses LM;Yozwiak NL;Winnicki S;Matranga CB;Malboeuf CM;Qu J;Gladden AD;Schaffner SF;Yang X;Jiang PP;Nekoui M;Colubri A;Coomber MR;Fonnie M;Moigboi A;Gbakie M;Kamara FK;Tucker V;Konuwa E;Saffa S;Sellu J;Jalloh AA;Kovoma A;Koninga J;Mustapha I;Kargbo K;Foday M;Yillah M;Kanneh F;Robert W;Massally JL;Chapman SB;Bochicchio J;Murphy C;Nusbaum C;Young S;Birren BW;Grant DS;Scheiffelin JS;Lander ES;Happi C;Gevao SM;Gnirke A;Rambaut A;Garry RF;Khan SH;Sabeti PC
通讯作者：
Sabeti PC
影响因子：
3.8
作者：
Rabaa MA;Ty Hang VT;Wills B;Farrar J;Simmons CP;Holmes EC
通讯作者：
Holmes EC