huARdb: human Antigen Receptor database for interactive clonotype-transcriptome analysis at the single-cell level.
huARdb: human Antigen Receptor database for interactive clonotype-transcriptome analysis at the single-cell level.
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huARdb：用于单细胞水平交互式克隆型转录组分析的人类抗原受体数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkab857
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Liu W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu L;Xue Z;Jin S;Zhang J;Guo Y;Bai Y;Jin X;Wang C;Wang L;Liu Z;Wang JQ;Lu L;Liu W
T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)在识别抗原和激活获得性免疫反应中起着关键作用。随机V(D)J重组产生了大量的TCR/BCR曲目多样性。具有转录组分析的单细胞免疫图谱允许高通量研究个体在正常和病理环境下的TCR/BCR克隆类型和功能。然而，将这些数据联系起来的全面数据库还不是现成的。在这里，我们介绍了人类抗原受体数据库(HuARdb)，这是一个大规模的人类单细胞免疫图谱数据库，包含444 794个高置信度T或B细胞(HCT/B细胞)，带有全长TCR/BCR序列和来自215个数据集的转录本。所有数据集在统一的工作流程中处理，包括序列比对、细胞亚型预测、无监督细胞聚类和克隆型定义。我们还开发了一个多功能和用户友好的网络界面，为生物学家提供交互式可视化模块，以便在单细胞水平上分析转录组和TCR/BCR特征。HuARDB在https://huarc.net/database上免费提供，具有数据查询、浏览、下载和存储功能。综上所述，huardb是一种全面的、多角度的人类抗原受体图谱。
T-cell receptors (TCRs) and B-cell receptors (BCRs) are critical in recognizing antigens and activating the adaptive immune response. Stochastic V(D)J recombination generates massive TCR/BCR repertoire diversity. Single-cell immune profiling with transcriptome analysis allows the high-throughput study of individual TCR/BCR clonotypes and functions under both normal and pathological settings. However, a comprehensive database linking these data is not yet readily available. Here, we present the human Antigen Receptor database (huARdb), a large-scale human single-cell immune profiling database that contains 444 794 high confidence T or B cells (hcT/B cells) with full-length TCR/BCR sequence and transcriptomes from 215 datasets. All datasets were processed in a uniform workflow, including sequence alignment, cell subtype prediction, unsupervised cell clustering, and clonotype definition. We also developed a multi-functional and user-friendly web interface that provides interactive visualization modules for biologists to analyze the transcriptome and TCR/BCR features at the single-cell level. HuARdb is freely available at https://huarc.net/database with functions for data querying, browsing, downloading, and depositing. In conclusion, huARdb is a comprehensive and multi-perspective atlas for human antigen receptors.
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免疫球蛋白轻链等位基因包含在全身性红斑狼疮中。
影响因子：
5.4
作者：
Fraser LD;Zhao Y;Lutalo PM;D'Cruz DP;Cason J;Silva JS;Dunn-Walters DK;Nayar S;Cope AP;Spencer J
通讯作者：
Spencer J
DOI：
10.4049/jimmunol.1100657
发表时间：
2012-01-01
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Alli R;Nguyen P;Boyd K;Sundberg JP;Geiger TL
通讯作者：
Geiger TL
影响因子：
64.8
作者：
Harris CR;Millman KJ;van der Walt SJ;Gommers R;Virtanen P;Cournapeau D;Wieser E;Taylor J;Berg S;Smith NJ;Kern R;Picus M;Hoyer S;van Kerkwijk MH;Brett M;Haldane A;Del Río JF;Wiebe M;Peterson P;Gérard-Marchant P;Sheppard K;Reddy T;Weckesser W;Abbasi H;Gohlke C;Oliphant TE
通讯作者：
Oliphant TE
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7.3
作者：
D'Angelo S;Ferrara F;Naranjo L;Erasmus MF;Hraber P;Bradbury ARM
通讯作者：
Bradbury ARM
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4.3
作者：
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