Short-read and long-read full-length transcriptome of mouse neural stem cells across neurodevelopmental stages.
Short-read and long-read full-length transcriptome of mouse neural stem cells across neurodevelopmental stages.
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跨神经发育阶段的小鼠神经干细胞的短读和长读全长转录组
DOI：
10.1038/s41597-022-01165-0
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发表时间：
2022-03-02
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ding C;Yan X;Xu M;Zhou R;Zhao Y;Zhang D;Huang Z;Pan Z;Xiao P;Li H;Chen L;Wang Y
在脑发育过程中，神经干细胞（NSCs）经历多个命运转换，产生各种神经元亚型和神经胶质细胞，在不同阶段表现出不同的转录组学特征。然而，在类似的实验环境下，不同神经发育阶段的神经干细胞的全长转录组数据集缺乏，这是必不可少的揭示阶段特异性转录和转录后机制的神经干细胞的命运承诺。在这里，我们报告了胚胎和产后发育过程中五个不同阶段小鼠神经干细胞的全长转录组。我们使用荧光激活细胞分选（FACS）从C57 BL/6转基因小鼠中分离CD 133 +Blbp+ NSC，所述C57 BL/6转基因小鼠在Blbp启动子的控制下表达增强的绿色荧光蛋白（EGFP）。通过整合短读和长读全长RNA-seq，我们创建了胚胎第15.5、17.5天和出生后第1.5、8和60天NSC中基因和亚型表达谱的转录组学数据集。该数据集提供了不同发育阶段NSC中全长转录物的详细表征，可用作神经科学界研究NSC命运决定，神经发育和疾病的资源。
During brain development, neural stem cells (NSCs) undergo multiple fate-switches to generate various neuronal subtypes and glial cells, exhibiting distinct transcriptomic profiles at different stages. However, full-length transcriptomic datasets of NSCs across different neurodevelopmental stages under similar experimental settings are lacking, which is essential for uncovering stage-specific transcriptional and post-transcriptional mechanisms underlying the fate commitment of NSCs. Here, we report the full-length transcriptome of mouse NSCs at five different stages during embryonic and postnatal development. We used fluorescent-activated cell sorting (FACS) to isolate CD133+Blbp+ NSCs from C57BL/6 transgenic mice that express enhanced green fluorescent protein (EGFP) under the control of a Blbp promoter. By integrating short- and long-read full-length RNA-seq, we created a transcriptomic dataset of gene and isoform expression profiles in NSCs at embryonic days 15.5, 17.5, and postnatal days 1.5, 8, and 60. This dataset provides a detailed characterization of full-length transcripts in NSCs at distinct developmental stages, which could be used as a resource for the neuroscience community to study NSC fate determination, neural development, and disease.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts678
发表时间：
2013-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Pervouchine DD;Knowles DG;Guigó R
通讯作者：
Guigó R
影响因子：
13.9
作者：
Kriegstein A;Alvarez-Buylla A
通讯作者：
Alvarez-Buylla A