ABACAS: algorithm-based automatic contiguation of assembled sequences.
ABACAS: algorithm-based automatic contiguation of assembled sequences.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp347
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发表时间：
2009-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Berriman M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Assefa S;Keane TM;Otto TD;Newbold C;Berriman M
总结：由于新的测序技术的可用性，我们现在越来越感兴趣的测序密切相关的菌株现有的成品基因组。最近，已经开发了许多从头和基于定位的组装器，以从新的测序技术读取产生高质量的基因组草案。新的工具是必要的，以采取重叠群从一个草案大会通过一个完全重叠的基因组序列。ABACAS旨在作为一种工具，用于快速重叠（比对，排序，定向），可视化和设计引物，以基于参考序列关闭鸟枪组装重叠群上的缺口。ABACAS的输入是一组重叠群，这些重叠群将与参考基因组进行比对，排序和定向，在ACT比较浏览器中可视化，并自动生成最佳引物序列。可用性和实现：ABACAS是用Perl实现的，可以从sa4@sanger.ac.uk免费下载。http://abacas.sourceforge.net
Summary: Due to the availability of new sequencing technologies, we are now increasingly interested in sequencing closely related strains of existing finished genomes. Recently a number of de novo and mapping-based assemblers have been developed to produce high quality draft genomes from new sequencing technology reads. New tools are necessary to take contigs from a draft assembly through to a fully contiguated genome sequence. ABACAS is intended as a tool to rapidly contiguate (align, order, orientate), visualize and design primers to close gaps on shotgun assembled contigs based on a reference sequence. The input to ABACAS is a set of contigs which will be aligned to the reference genome, ordered and orientated, visualized in the ACT comparative browser, and optimal primer sequences are automatically generated. Availability and Implementation: ABACAS is implemented in Perl and is freely available for download from http://abacas.sourceforge.net Contact: sa4@sanger.ac.uk
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影响因子：
5.8
作者：
Richter, Daniel C.;Schuster, Stephan C.;Huson, Daniel H.
通讯作者：
Huson, Daniel H.
影响因子：
5.8
作者：
Koressaar, Triinu;Remm, Maido
通讯作者：
Remm, Maido
影响因子：
14.9
作者：
van Hijum SA;Zomer AL;Kuipers OP;Kok J
通讯作者：
Kok J
影响因子：
5.8
作者：
Bartels, D;Kespohl, S;Schuster, SC
通讯作者：
Schuster, SC
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn529
发表时间：
2008-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Carver T;Berriman M;Tivey A;Patel C;Böhme U;Barrell BG;Parkhill J;Rajandream MA
通讯作者：
Rajandream MA