Determination of in vivo RNA kinetics using RATE-seq.
Determination of in vivo RNA kinetics using RATE-seq.
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使用 RATE-seq 测定体内 RNA 动力学。
DOI：
10.1261/rna.045104.114
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发表时间：
2014-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gresham D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Neymotin B;Athanasiadou R;Gresham D
转录物的丰度由其合成速率和降解速率决定；然而，定量RNA丰度的全局方法无法区分这两个过程中的变化。在这里，我们介绍了RNA平衡测序方法（RATE-seq），它使用RNA的体内代谢标记和平衡动力学方法来确定RNA的绝对降解和合成速率。RATE-seq不干扰细胞生理学，使用外源性峰值直接归一化，可以很容易地适用于大多数生物体的研究。我们展示了使用RATE-seq来估计酿酒酵母编码和非编码转录物的全基因组动力学参数。
The abundance of a transcript is determined by its rate of synthesis and its rate of degradation; however, global methods for quantifying RNA abundance cannot distinguish variation in these two processes. Here, we introduce RNA approach to equilibrium sequencing (RATE-seq), which uses in vivo metabolic labeling of RNA and approach to equilibrium kinetics, to determine absolute RNA degradation and synthesis rates. RATE-seq does not disturb cellular physiology, uses straightforward normalization with exogenous spike-ins, and can be readily adapted for studies in most organisms. We demonstrate the use of RATE-seq to estimate genome-wide kinetic parameters for coding and noncoding transcripts in Saccharomyces cerevisiae.
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