Multiplex measurement of protein-peptide dissociation constants using dialysis and mass spectrometry.
Multiplex measurement of protein-peptide dissociation constants using dialysis and mass spectrometry.
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DOI：
10.1002/pro.4607
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发表时间：
2023-04
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我们提出了一种高通量方法，用于平行定量测量数百种蛋白质-肽结合亲和力。在该测定中，将蛋白质溶液透析到含有潜在结合肽库的缓冲液中，使得在平衡时，肽种类的相对丰度与该肽的解离常数Kd在数学上相关。我们使用同量异位多重定量蛋白质组学，同时确定相对丰度，因此K d及其相关的错误，为整个肽库。我们应用这种技术，我们称之为PEDAL（亲和力学习的平行平衡透析），以确定PDZ结构域和数百种肽之间的精确Kd，在单个实验中跨越多个数量级的亲和力范围。PEDAL是一种方便、快速和低成本的方法，用于平行测量大量蛋白质-肽亲和力，提供了真正的溶液中结合平衡与多重能力的罕见组合。
We propose a high‐throughput method for quantitatively measuring hundreds of protein–peptide binding affinities in parallel. In this assay, a solution of protein is dialyzed into a buffer containing a pool of potential binding peptides, such that upon equilibration the relative abundance of a peptide species is mathematically related to that peptide's dissociation constant, K d . We use isobaric multiplexed quantitative proteomics to simultaneously determine the relative abundance, and hence the K d and its associated error, for an entire peptide library. We apply this technique, which we call PEDAL (parallel equilibrium dialysis for affinity learning), to determine accurate K d 's between a PDZ domain and hundreds of peptides, spanning an affinity range of multiple orders of magnitude in a single experiment. PEDAL is a convenient, fast, and low‐cost method for measuring large numbers of protein–peptide affinities in parallel, providing a rare combination of true in‐solution binding equilibria with the ability to multiplex.
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