Label-free high-throughput microRNA expression profiling from total RNA.
Label-free high-throughput microRNA expression profiling from total RNA.
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DOI：
10.1093/nar/gkr774
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发表时间：
2011-12
影响因子：
14.9
通讯作者：
Li J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duan D;Zheng KX;Shen Y;Cao R;Jiang L;Lu Z;Yan X;Li J
microRNAs（miRNAs）是重要的生物调节因子和疾病标志物，其检测技术在基础研究和医学诊断方面具有巨大的潜力。目前，生物样品中的miRNA在应用于大多数高通量测定之前必须被标记。这些基于标签的方法虽然有效，但通常是劳动密集型的，耗时的，容易产生偏见。此外，在使用总RNA作为输入的大多数测定中，共存的miRNA前体（pre-miRNA）的交叉杂交没有得到充分解决。在这里，我们提出了一个杂交触发的荧光策略，无标记，基于微阵列的高通量miRNA表达谱。将总RNA直接应用于具有短荧光团连接的寡核苷酸通用标签的微阵列，所述短荧光团连接的寡核苷酸通用标签可以通过碱基堆积效应被靶结合的探针选择性地捕获。这种堆叠杂交通用标签（SHUT）测定已成功用于分析来自人体组织的低至100 ng的总RNA，并且发现对同源miRNA具有高度特异性。对5 ′端或3 ′端单碱基错配的鉴别力极好。重要的是，pre-miRNAs产生的信号可以忽略不计，验证了总RNA的直接使用。
MicroRNAs (miRNAs) are key biological regulators and promising disease markers whose detection technologies hold great potentials in advancing fundamental research and medical diagnostics. Currently, miRNAs in biological samples have to be labeled before being applied to most high-throughput assays. Although effective, these labeling-based approaches are usually labor-intensive, time-consuming and liable to bias. Besides, the cross-hybridization of co-existing miRNA precursors (pre-miRNAs) is not adequately addressed in most assays that use total RNA as input. Here, we present a hybridization-triggered fluorescence strategy for label-free, microarray-based high-throughput miRNA expression profiling. The total RNA is directly applied to the microarray with a short fluorophore-linked oligonucleotide Universal Tag which can be selectively captured by the target-bound probes via base-stacking effects. This Stacking-Hybridized Universal Tag (SHUT) assay has been successfully used to analyze as little as 100 ng total RNA from human tissues, and found to be highly specific to homogenous miRNAs. Superb discrimination toward single-base mismatch at the 5′ or 3′ end has been demonstrated. Importantly, the pre-miRNAs generated negligible signals, validating the direct use of total RNA.
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