Meta-analysis of gene expression signatures reveals hidden links among diverse biological processes in Arabidopsis.
Meta-analysis of gene expression signatures reveals hidden links among diverse biological processes in Arabidopsis.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0108567
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ge SX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lai L;Ge SX
模式植物拟南芥已使用高通量基因组技术进行了深入研究，该技术通常会生成各种条件下差异表达基因的列表。我们小组最近从 397 个基因表达研究中收集了 1065 个基因列表，作为通路分析的知识库。在这里，我们通过计算所有与所有比较中的重叠来系统地分析这些基因列表。我们确定了 16,261 个统计上显着的重叠，由无向网络表示，其中节点对应于基因列表，边缘表示显着的重叠。该网络强调了不同生物过程的基因表达特征之间的相关性。我们还将主网络划分为 20 个子网络，代表高度相似的表达签名组。这些是在不同治疗或条件下共同调节的常见基因组，并且通常与特定的生物学主题相关。总的来说，我们的结果表明不同的基因表达特征以模块化的方式高度互连。
The model plant Arabidopsis has been well-studied using high-throughput genomics technologies, which usually generate lists of differentially expressed genes under various conditions. Our group recently collected 1065 gene lists from 397 gene expression studies as a knowledgebase for pathway analysis. Here we systematically analyzed these gene lists by computing overlaps in all-vs.-all comparisons. We identified 16,261 statistically significant overlaps, represented by an undirected network in which nodes correspond to gene lists and edges indicate significant overlaps. The network highlights the correlation across the gene expression signatures of the diverse biological processes. We also partitioned the main network into 20 sub-networks, representing groups of highly similar expression signatures. These are common sets of genes that were co-regulated under different treatments or conditions and are often related to specific biological themes. Overall, our result suggests that diverse gene expression signatures are highly interconnected in a modular fashion.
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影响因子：
3.7
作者：
Miller BG;Stamatoyannopoulos JA
通讯作者：
Stamatoyannopoulos JA
影响因子：
5.8
作者：
Liberzon, Arthur;Subramanian, Aravind;Mesirov, Jill P.
通讯作者：
Mesirov, Jill P.
拟南芥种子中产卵的父母效应的基础转录曲线。
影响因子：
5.3
作者：
Tiwari S;Spielman M;Schulz R;Oakey RJ;Kelsey G;Salazar A;Zhang K;Pennell R;Scott RJ
通讯作者：
Scott RJ
影响因子：
12.3
作者：
Newman, JC;Weiner, AM
通讯作者：
Weiner, AM
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y