PathVisio 3: an extendable pathway analysis toolbox.
PathVisio 3: an extendable pathway analysis toolbox.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1004085
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发表时间：
2015-02
影响因子：
4.3
通讯作者：
Evelo CT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kutmon M;van Iersel MP;Bohler A;Kelder T;Nunes N;Pico AR;Evelo CT
PathDoppler是一个常用的途径编辑器，可视化和分析软件。多年来，生物学家一直使用生物途径来描述生物过程中的详细步骤。这些强大的视觉表示帮助研究人员更好地理解，分享和讨论知识。自2008年首次发表以来，原始论文被引用了170多次，Pathophylla被用于许多不同的生物学研究。作为一个在线编辑器，Pathpathways也被整合到社区策划的路径数据库WikiPathways中。在这里，我们介绍了Pathweek的第三个版本，其中包含应用程序的最新添加和改进。PathData的核心功能是路径绘制、高级数据可视化和路径统计。此外，PathPhone 3引入了一个新的强大的扩展系统，允许其他开发人员以插件的形式贡献额外的功能，而无需更改核心应用程序。Pathological可从http://www.pathvisio.org下载，2014年Pathological 3已被下载超过5，500次。在中央插件库中已经有超过15个插件可用。PathData是一个免费可用的开源工具，在Apache 2.0许可证下发布（http：//www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0）。它是用Java实现的，因此可以在所有主要的操作系统上运行。代码存储库可在http://svn.bigcat.unimaas.nl/pathvisio上获得。用户的支持邮件列表可在https：//groups.google.com/forum/#！forum/wikipathways-discuss和开发人员在https：//groups.google.com/forum/#！forum/wikipathways-devel.
PathVisio is a commonly used pathway editor, visualization and analysis software. Biological pathways have been used by biologists for many years to describe the detailed steps in biological processes. Those powerful, visual representations help researchers to better understand, share and discuss knowledge. Since the first publication of PathVisio in 2008, the original paper was cited more than 170 times and PathVisio was used in many different biological studies. As an online editor PathVisio is also integrated in the community curated pathway database WikiPathways. Here we present the third version of PathVisio with the newest additions and improvements of the application. The core features of PathVisio are pathway drawing, advanced data visualization and pathway statistics. Additionally, PathVisio 3 introduces a new powerful extension systems that allows other developers to contribute additional functionality in form of plugins without changing the core application. PathVisio can be downloaded from http://www.pathvisio.org and in 2014 PathVisio 3 has been downloaded over 5,500 times. There are already more than 15 plugins available in the central plugin repository. PathVisio is a freely available, open-source tool published under the Apache 2.0 license (http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0). It is implemented in Java and thus runs on all major operating systems. The code repository is available at http://svn.bigcat.unimaas.nl/pathvisio. The support mailing list for users is available on https://groups.google.com/forum/#!forum/wikipathways-discuss and for developers on https://groups.google.com/forum/#!forum/wikipathways-devel.
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影响因子：
3
作者：
van Iersel MP;Pico AR;Kelder T;Gao J;Ho I;Hanspers K;Conklin BR;Evelo CT
通讯作者：
Evelo CT
影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J
DOI：
10.1016/j.bbapap.2013.11.007
发表时间：
2014-05-01
影响因子：
3.2
作者：
Bauer，Chris;Glintschert，Alexander;Schuchhardt，Johannes
通讯作者：
Schuchhardt，Johannes
影响因子：
3.3
作者：
Kohn, KW;Aladjem, MI;Pommier, Y
通讯作者：
Pommier, Y
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
通讯作者：
Ideker T