Thermodynamic contributions of single internal rA·dA, rC·dC, rG·dG and rU·dT mismatches in RNA/DNA duplexes.
Thermodynamic contributions of single internal rA·dA, rC·dC, rG·dG and rU·dT mismatches in RNA/DNA duplexes.
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DOI：
10.1093/nar/gkq905
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发表时间：
2011-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Santalucia J Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Watkins NE Jr;Kennelly WJ;Tsay MJ;Tuin A;Swenson L;Lee HR;Morosyuk S;Hicks DA;Santalucia J Jr
使用紫外吸光热变性，测量了 1 M 氯化钠缓冲液中 54 个 RNA/DNA 双链体的 rA·dA、rC·dC、rG·dG 和 rU·dT 单个内部错配的热力学贡献。通过使用曲线拟合程序 Meltwin 拟合吸光度与温度曲线来获得热力学参数。使用奇异值分解对加权平均热力学数据进行拟合，以确定每个内部失配的八个非唯一最近邻参数。新参数预测含有这些单一错配的双链体的 ΔG°37、ΔH° 和熔化温度 (Tm) 分别在平均 0.33kcal/mol、4.5kcal/mol 和 1.4°C 范围内。单个内部错配稳定性下降的总体趋势是rG·dG > rU·dT > rA·dA > rC·dC。单个内部错配的5'碱基对的稳定性趋势为rG·dC > rC·dG > rA·dT > rU·dA。单个内部错配的碱基对3'的稳定性趋势为rC·dG > rG·dC>>rA·dT > rU·dA。这些最近邻值现在是 RNA/DNA 双链体的完整单内部错配热力学参数集的一部分，这些参数已合并到核酸测定开发软件程序 Visual 寡核苷酸建模平台 (OMP) 和 ThermoBLAST 中。
The thermodynamic contributions of rA·dA, rC·dC, rG·dG and rU·dT single internal mismatches were measured for 54 RNA/DNA duplexes in a 1 M NaCl buffer using UV absorbance thermal denaturation. Thermodynamic parameters were obtained by fitting absorbance versus temperature profiles using the curve-fitting program Meltwin. The weighted average thermodynamic data were fit using singular value decomposition to determine the eight non-unique nearest-neighbor parameters for each internal mismatch. The new parameters predict the ΔG°37, ΔH° and melting temperature (Tm) of duplexes containing these single mismatches within an average of 0.33 kcal/mol, 4.5 kcal/mol and 1.4°C, respectively. The general trend in decreasing stability for the single internal mismatches is rG·dG > rU·dT > rA·dA > rC·dC. The stability trend for the base pairs 5′ of the single internal mismatch is rG·dC > rC·dG > rA·dT > rU·dA. The stability trend for the base pairs 3′ of the single internal mismatch is rC·dG > rG·dC >> rA·dT > rU·dA. These nearest-neighbor values are now a part of a complete set of single internal mismatch thermodynamic parameters for RNA/DNA duplexes that are incorporated into the nucleic acid assay development software programs Visual oligonucleotide modeling platform (OMP) and ThermoBLAST.
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