Onto-Tools: new additions and improvements in 2006.
Onto-Tools: new additions and improvements in 2006.
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DOI：
10.1093/nar/gkm327
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Draghici S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khatri P;Voichita C;Kattan K;Ansari N;Khatri A;Georgescu C;Tarca AL;Draghici S
Onto-Tools是一个免费的网络访问软件套件，由一个注释数据库和九个互补的数据挖掘工具组成。本文介绍了一个新工具，Onto-Express-to-go (OE2GO)，以及过去一年中在Pathway-Express和Onto-Miner中实现的一些新功能。通路表达（PE）已被增强，以识别在给定条件下使用输入中的差异表达基因的显着扰动通路。OE2GO是一个使用自定义注释进行功能分析的工具。这个工具的开发是针对研究生物的研究人员，这些生物的注释还没有在公共领域中可用。OE2GO允许研究人员使用来自Onto-Tools数据库的注释数据，或者他们自己的自定义注释。通过消除使用任何特定数据库的必要性，OE2GO使所有生物体都可以使用功能分析，并使用任何本体进行注释。Onto-Tools可在http://vortex.cs.wayne.edu/projects.htm免费获取。
Onto-Tools is a freely available web-accessible software suite, composed of an annotation database and nine complementary data-mining tools. This article describes a new tool, Onto-Express-to-go (OE2GO), as well as some new features implemented in Pathway-Express and Onto-Miner over the past year. Pathway-Express (PE) has been enhanced to identify significantly perturbed pathways in a given condition using the differentially expressed genes in the input. OE2GO is a tool for functional profiling using custom annotations. The development of this tool was aimed at the researchers working with organisms for which annotations are not yet available in the public domain. OE2GO allows researchers to use either annotation data from the Onto-Tools database, or their own custom annotations. By removing the necessity to use any specific database, OE2GO makes the functional profiling available for all organisms, with annotations using any ontology. The Onto-Tools are freely available at http://vortex.cs.wayne.edu/projects.htm.
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