Recent additions and improvements to the Onto-Tools.
Recent additions and improvements to the Onto-Tools.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gki472
复制
发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Draghici, S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khatri, P;Sellamuthu, S;Malhotra, P;Amin, K;Done, A;Draghici, S
Onto-Tools套件由一个注释数据库和六个无缝集成的、可通过网络访问的数据挖掘工具组成：On-Express、On-Compare、On-Design、On-Translate、On-Miner和Path-Express。On-Tools数据库已扩大，包括来自12个新数据库的各种类型的数据。我们的数据库现在集成了来自19个序列、基因、蛋白质和注释数据库的不同类型的基因组数据。此外，我们的数据库还扩展到包括完整的基因本体论(GO)注释。使用增强的数据库和GO注释，On-Express现在可以对24种生物进行功能分析，并支持17种不同类型的输入ID。还对On-Translate进行了改进，以充分利用新的On-Tools数据库的能力，最终目标是向用户提供从任何类型的身份识别系统到任何其他类型的无冗余和完整的映射。目前，On-Translate允许在29种ID之间进行任意映射。Path-Express是一种新的工具，可以帮助用户为他们输入的基因列表找到最感兴趣的路径。OTO-工具可在上免费获取。
The Onto-Tools suite is composed of an annotation database and six seamlessly integrated, web-accessible data mining tools: Onto-Express, Onto-Compare, Onto-Design, Onto-Translate, Onto-Miner and Pathway-Express. The Onto-Tools database has been expanded to include various types of data from 12 new databases. Our database now integrates different types of genomic data from 19 sequence, gene, protein and annotation databases. Additionally, our database is also expanded to include complete Gene Ontology (GO) annotations. Using the enhanced database and GO annotations, Onto-Express now allows functional profiling for 24 organisms and supports 17 different types of input IDs. Onto-Translate is also enhanced to fully utilize the capabilities of the new Onto-Tools database with an ultimate goal of providing the users with a non-redundant and complete mapping from any type of identification system to any other type. Currently, Onto-Translate allows arbitrary mappings between 29 types of IDs. Pathway-Express is a new tool that helps the users find the most interesting pathways for their input list of genes. Onto-Tools are freely available at .
登录
查看更多内容
影响因子：
12.3
作者：
Martin D;Brun C;Remy E;Mouren P;Thieffry D;Jacq B
通讯作者：
Jacq B
影响因子：
5.8
作者：
Al-Shahrour, F;Díaz-Uriarte, R;Dopazo, J
通讯作者：
Dopazo, J
影响因子：
14.9
作者：
Draghici, S;Khatri, P;Tainsky, MA
通讯作者：
Tainsky, MA
影响因子：
7
作者：
Ashburner, M;Ball, CA;Yoon, J
通讯作者：
Yoon, J
影响因子：
5.8
作者：
Berriz, GF;King, OD;Roth, FP
通讯作者：
Roth, FP