Bacterial-fungal interactions revealed by genome-wide analysis of bacterial mutant fitness.
Bacterial-fungal interactions revealed by genome-wide analysis of bacterial mutant fitness.
复制标题
DOI：
10.1038/s41564-020-00800-z
复制
发表时间：
2021-01
影响因子：
28.3
通讯作者：
Dutton RJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pierce EC;Morin M;Little JC;Liu RB;Tannous J;Keller NP;Pogliano K;Wolfe BE;Sanchez LM;Dutton RJ
微生物相互作用预计将成为微生物组结构和功能的主要决定因素。尽管真菌存在于不同的微生物组中，但它们与细菌的相互作用在很大程度上仍然未知。在这项工作中，我们描述了 16 种不同细菌-真菌对中的相互作用，研究了从奶酪外皮微生物组中分离出的 8 种不同真菌对 2 种细菌（大肠杆菌和奶酪分离的嗜冷假单胞菌）的影响。使用随机条形码转座子位点测序 (RB-TnSeq) 和允许在不同条件之间进行统计比较的分析管道，我们观察到与单独生长相比，真菌伙伴导致细菌突变体的适应性发生广泛变化。我们发现所有真菌物种都会调节细菌物种对铁和生物素的利用，这表明这些可能是细菌-真菌相互作用的保守驱动因素。还发现了物种特异性相互作用，其中一部分表明真菌产生了抗生素。保守和物种特异性相互作用的变化是由于真菌专门代谢物产生的全局调节因子的缺失造成的。这项工作强调了真菌对微生物组内细菌物种产生广泛影响的潜力。
Microbial interactions are expected to be major determinants of microbiome structure and function. Although fungi are found in diverse microbiomes, their interactions with bacteria remain largely uncharacterized. In this work, we characterize interactions in 16 different bacterial-fungal pairs, examining the impacts of 8 different fungi isolated from cheese rind microbiomes on 2 bacteria (Escherichia coli and a cheese-isolated Pseudomonas psychrophila). Using random barcode transposon site sequencing (RB-TnSeq) with an analysis pipeline that allows statistical comparisons between different conditions, we observed that fungal partners caused widespread changes in the fitness of bacterial mutants compared to growth alone. We found that all fungal species modulated the availability of iron and biotin to bacterial species, suggesting that these may be conserved drivers of bacterial-fungal interactions. Species-specific interactions were also uncovered, a subset of which suggest fungal antibiotic production. Changes in both conserved and species-specific interactions resulted from deletion of a global regulator of fungal specialized metabolite production. This work highlights the potential for broad impacts of fungi on bacterial species within microbiomes.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium
DOI：
10.1007/s13361-019-02185-8
发表时间：
2019-08-01
影响因子：
3.2
作者：
Cleary, Jessica L.;Luu, Gordon T.;Sanchez, Laura M.
通讯作者：
Sanchez, Laura M.
影响因子：
3.6
作者：
Clancy, A;Loar, JW;Rubens, CE
通讯作者：
Rubens, CE
影响因子：
3.3
作者：
Deveau, A.;Brule, C.;Frey-Klett, P.
通讯作者：
Frey-Klett, P.
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y