Mass spectrometry-based metabolomics in microbiome investigations.
Mass spectrometry-based metabolomics in microbiome investigations.
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DOI：
10.1038/s41579-021-00621-9
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发表时间：
2022-03
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
微生物群是生态系统的可塑性部分，包括人类生态系统。微生物不仅影响其特定生态位的化学，如人类肠道，而且影响远距离环境的化学，如身体的其他部位。基于质谱的代谢组学是检测和鉴定人体微生物组产生的小分子，并了解这些微生物代谢产物的功能作用的关键技术之一。本综述旨在对非靶向质谱的常见形式以及在微生物组分析中可以获得的数据类型进行基础介绍。数据分析仍然是一个障碍，因此，重点放在数据分析方法和综合分析上，包括微生物组测序数据的整合。基于质谱的代谢组学是检测和鉴定人体微生物群产生的小分子物质，了解这些微生物代谢产物功能作用的关键技术之一。在这篇综述中，Dorrestein及其同事回顾了非靶向质谱的常见形式以及在微生物组分析中可以获得的数据类型。
Microbiota are a malleable part of ecosystems, including the human ecosystem. Microorganisms not only affect the chemistry of their specific niche, such as the human gut but also the chemistry of distant environments, such as other parts of the body. Mass spectrometry-based metabolomics is one of the key technologies to detect and identify the small molecules produced by the human microbiome, and to understand the functional role of these microbial metabolites. This Review aims to provide a foundational introduction to common forms of untargeted mass spectrometry and the types of data that can be obtained in the context of microbiome analysis. Data analysis remains an obstacle, therefore, the emphasis is placed on data analysis approaches and integrative analysis, including the integration of microbiome sequencing data. Mass spectrometry-based metabolomics is one of the key technologies to detect and identify the small molecules produced by the human microbiota, and to understand the functional role of these microbial metabolites. In this Review, Dorrestein and colleagues review common forms of untargeted mass spectrometry and the types of data that can be obtained in the context of microbiome analysis.
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影响因子：
4.3
作者：
da Silva RR;Wang M;Nothias LF;van der Hooft JJJ;Caraballo-Rodríguez AM;Fox E;Balunas MJ;Klassen JL;Lopes NP;Dorrestein PC
通讯作者：
Dorrestein PC
影响因子：
17.1
作者：
Claesen J;Spagnolo JB;Ramos SF;Kurita KL;Byrd AL;Aksenov AA;Melnik AV;Wong WR;Wang S;Hernandez RD;Donia MS;Dorrestein PC;Kong HH;Segre JA;Linington RG;Fischbach MA;Lemon KP
通讯作者：
Lemon KP
影响因子：
9.5
作者：
Nguyen DH;Nguyen CH;Mamitsuka H
通讯作者：
Mamitsuka H
影响因子：
5.8
作者：
Carr, Rogan;Borenstein, Elhanan
通讯作者：
Borenstein, Elhanan
DOI：
10.1073/pnas.1424409112
发表时间：
2015-04-28
影响因子：
11.1
作者：
Bouslimani, Amina;Porto, Carla;Dorrestein, Pieter C.
通讯作者：
Dorrestein, Pieter C.