Variation in the strength of selected codon usage bias among bacteria.
Variation in the strength of selected codon usage bias among bacteria.
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DOI：
10.1093/nar/gki242
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发表时间：
2005
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sockett RE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sharp PM;Bailes E;Grocock RJ;Peden JF;Sockett RE
在细菌中，许多物种具有同义密码子使用模式，这些密码子的使用模式受到自然选择的影响，这些密码子被更准确和/或更高效地翻译。然而，在其他物种的选择似乎是无效的。在这里，我们介绍了一个基于群体遗传学的模型，用于量化选择的有效程度。该方法被应用于80种系统发育不同的细菌物种，这些物种的全基因组序列是可用的。S发现，选择密码子使用偏向的强度在不同物种之间有很大差异；在所检查的基因组中，没有显著证据表明选择是有效的。S的值与rRNA操纵子数和tRNA基因数均呈高度正相关。这些结果与以下假设一致，即接受快速生长选择的物种具有更多的rRNA操纵子、更多的tRNA基因和更强烈的选择密码子使用偏向。例如，S值最高的物种--产气荚膜梭菌，其世代时间可以短至7分钟。
Among bacteria, many species have synonymous codon usage patterns that have been influenced by natural selection for those codons that are translated more accurately and/or efficiently. However, in other species selection appears to have been ineffective. Here, we introduce a population genetics-based model for quantifying the extent to which selection has been effective. The approach is applied to 80 phylogenetically diverse bacterial species for which whole genome sequences are available. The strength of selected codon usage bias, S, is found to vary substantially among species; in 30% of the genomes examined, there was no significant evidence that selection had been effective. Values of S are highly positively correlated with both the number of rRNA operons and the number of tRNA genes. These results are consistent with the hypothesis that species exposed to selection for rapid growth have more rRNA operons, more tRNA genes and more strongly selected codon usage bias. For example, Clostridium perfringens, the species with the highest value of S, can have a generation time as short as 7 min.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/8.3.275
发表时间：
1992-06-01
期刊：
COMPUTER APPLICATIONS IN THE BIOSCIENCES
影响因子：
--
作者：
JONES, DT;TAYLOR, WR;THORNTON, JM
通讯作者：
THORNTON, JM
影响因子：
9.4
作者：
Fabre, M;Koeck, JL;Pourcel, C
通讯作者：
Pourcel, C
DOI：
10.1099/00221287-142-4-915
发表时间：
1996-04-01
期刊：
MICROBIOLOGY-UK
影响因子：
--
作者：
Andersson, SGE;Sharp, PM
通讯作者：
Sharp, PM
影响因子：
3.9
作者：
Andersson, SGE;Sharp, PM
通讯作者：
Sharp, PM
DOI：
10.1073/pnas.90.21.10163
发表时间：
1993-11-01
影响因子：
11.1
作者：
DYKHUIZEN, DE;POLIN, DS;LUFT, BJ
通讯作者：
LUFT, BJ