A DNA-binding-site landscape and regulatory network analysis for NAC transcription factors in Arabidopsis thaliana.
A DNA-binding-site landscape and regulatory network analysis for NAC transcription factors in Arabidopsis thaliana.
复制标题
拟南芥中NAC转录因子的DNA结合位置景观和调节网络分析。
DOI：
10.1093/nar/gku502
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
De Masi F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lindemose S;Jensen MK;Van de Velde J;O'Shea C;Heyndrickx KS;Workman CT;Vandepoele K;Skriver K;De Masi F
转录因子的靶基因鉴定是对生物体行为进行系统全面理解的先决条件。NAM-ATAF 1/2-CUC 2（NAC）转录因子是植物中最大的转录因子家族之一，然而从无偏的方法来解析单个成员的DNA结合偏好的数据有限。在这里，我们提出了一个TF-靶基因鉴定工作流程的基础上整合新的蛋白结合微阵列数据与基因表达和多物种启动子序列的保守性，以确定DNA结合特异性和12个NAC转录因子的基因调控网络。我们的数据提供了特定的单碱基分辨率指纹研究的大多数TF，并表明，NAC的DNA结合特异性可能是预测从他们的DNA结合域的序列。所开发的方法，包括应用互补功能基因组学过滤器，使得有可能翻译，为每个TF，蛋白结合微阵列数据成一组高质量的靶基因。通过这种方法，我们证实了NAC靶基因报告的独立体内分析。我们强调，候选靶基因集连同与功能模块相关的工作流程提供了强大的资源来解开NAC基因的调控潜力，并且该工作流程可用于研究其他转录因子家族。
Target gene identification for transcription factors is a prerequisite for the systems wide understanding of organismal behaviour. NAM-ATAF1/2-CUC2 (NAC) transcription factors are amongst the largest transcription factor families in plants, yet limited data exist from unbiased approaches to resolve the DNA-binding preferences of individual members. Here, we present a TF-target gene identification workflow based on the integration of novel protein binding microarray data with gene expression and multi-species promoter sequence conservation to identify the DNA-binding specificities and the gene regulatory networks of 12 NAC transcription factors. Our data offer specific single-base resolution fingerprints for most TFs studied and indicate that NAC DNA-binding specificities might be predicted from their DNA-binding domain's sequence. The developed methodology, including the application of complementary functional genomics filters, makes it possible to translate, for each TF, protein binding microarray data into a set of high-quality target genes. With this approach, we confirm NAC target genes reported from independent in vivo analyses. We emphasize that candidate target gene sets together with the workflow associated with functional modules offer a strong resource to unravel the regulatory potential of NAC genes and that this workflow could be used to study other families of transcription factors.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
14.8
作者：
Berger, Michael F.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.
OSU1/QUA2/TSD2 编码的推定甲基转移酶是拟南芥中碳氮营养平衡反应的关键调节剂。
影响因子：
3.7
作者：
Gao, Peng;Xin, Zeyu;Zheng, Zhi-Liang
通讯作者：
Zheng, Zhi-Liang
影响因子：
46.9
作者：
Berger, Michael F.;Philippakis, Anthony A.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.
影响因子：
7.4
作者：
Heyndrickx, Ken S.;Vandepoele, Klaas
通讯作者：
Vandepoele, Klaas