STRIDE: Species Tree Root Inference from Gene Duplication Events.
STRIDE: Species Tree Root Inference from Gene Duplication Events.
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DOI：
10.1093/molbev/msx259
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发表时间：
2017-12-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Kelly S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Emms DM;Kelly S
对任何系统发育树的正确解释都有赖于该树被正确地扎根。在大规模的分子系统发育分析中，我们提出了一种快速、有效和无外群的方法STRIDE，用于识别基因重复事件和物种树根推断。STRIDE从一组没有根的基因树中识别出一组得到良好支持的组内基因复制事件，并对这些事件进行分析以推断无根物种树上的概率分布，以确定其根的位置。我们表明，STRIDE在跨越广泛的时间尺度和分类组的多个大规模分子系统发育数据集中正确地识别了物种树的根。我们证明了在STRIDE中实现的新的概率模型能够准确地描述在信息有限的数据集上物种树根分配的模糊性。此外，将STRIDE应用于真核生物树起源的无外群推断得到了根概率分布，这为关于真核生物起源的主要假说提供了额外的支持。
The correct interpretation of any phylogenetic tree is dependent on that tree being correctly rooted. We present STRIDE, a fast, effective, and outgroup-free method for identification of gene duplication events and species tree root inference in large-scale molecular phylogenetic analyses. STRIDE identifies sets of well-supported in-group gene duplication events from a set of unrooted gene trees, and analyses these events to infer a probability distribution over an unrooted species tree for the location of its root. We show that STRIDE correctly identifies the root of the species tree in multiple large-scale molecular phylogenetic data sets spanning a wide range of timescales and taxonomic groups. We demonstrate that the novel probability model implemented in STRIDE can accurately represent the ambiguity in species tree root assignment for data sets where information is limited. Furthermore, application of STRIDE to outgroup-free inference of the origin of the eukaryotic tree resulted in a root probability distribution that provides additional support for leading hypotheses for the origin of the eukaryotes.
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影响因子：
10.7
作者：
Simmons, MP;Bailey, CD;Nixon, KC
通讯作者：
Nixon, KC
影响因子：
6.5
作者：
Szöllősi GJ;Tannier E;Daubin V;Boussau B
通讯作者：
Boussau B
DOI：
10.1126/science.1253451
发表时间：
2014-12-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jarvis ED;Mirarab S;Aberer AJ;Li B;Houde P;Li C;Ho SY;Faircloth BC;Nabholz B;Howard JT;Suh A;Weber CC;da Fonseca RR;Li J;Zhang F;Li H;Zhou L;Narula N;Liu L;Ganapathy G;Boussau B;Bayzid MS;Zavidovych V;Subramanian S;Gabaldón T;Capella-Gutiérrez S;Huerta-Cepas J;Rekepalli B;Munch K;Schierup M;Lindow B;Warren WC;Ray D;Green RE;Bruford MW;Zhan X;Dixon A;Li S;Li N;Huang Y;Derryberry EP;Bertelsen MF;Sheldon FH;Brumfield RT;Mello CV;Lovell PV;Wirthlin M;Schneider MP;Prosdocimi F;Samaniego JA;Vargas Velazquez AM;Alfaro-Núñez A;Campos PF;Petersen B;Sicheritz-Ponten T;Pas A;Bailey T;Scofield P;Bunce M;Lambert DM;Zhou Q;Perelman P;Driskell AC;Shapiro B;Xiong Z;Zeng Y;Liu S;Li Z;Liu B;Wu K;Xiao J;Yinqi X;Zheng Q;Zhang Y;Yang H;Wang J;Smeds L;Rheindt FE;Braun M;Fjeldsa J;Orlando L;Barker FK;Jønsson KA;Johnson W;Koepfli KP;O'Brien S;Haussler D;Ryder OA;Rahbek C;Willerslev E;Graves GR;Glenn TC;McCormack J;Burt D;Ellegren H;Alström P;Edwards SV;Stamatakis A;Mindell DP;Cracraft J;Braun EL;Warnow T;Jun W;Gilbert MT;Zhang G
通讯作者：
Zhang G
DOI：
10.1073/pnas.1110633108
发表时间：
2011-08-16
影响因子：
11.1
作者：
Parfrey, Laura Wegener;Lahr, Daniel J. G.;Katz, Laura A.
通讯作者：
Katz, Laura A.
影响因子：
10.7
作者：
Nguyen LT;Schmidt HA;von Haeseler A;Minh BQ
通讯作者：
Minh BQ