Bioinformatic characterisation of the effector repertoire of the strawberry pathogen Phytophthora cactorum.
Bioinformatic characterisation of the effector repertoire of the strawberry pathogen Phytophthora cactorum.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0202305
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Brurberg MB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Armitage AD;Lysøe E;Nellist CF;Lewis LA;Cano LM;Harrison RJ;Brurberg MB
草莓冠腐病是草莓的一种主要病害，其病原菌为恶疫霉菌。我们报道了从有症状的Fragaria x ananassa组织中分离到的恶性巴氏杆菌分离株10300的基因组草图。我们的分析表明，在基因组中存在大量编码分泌型效应器的基因，包括近200个RxLR结构域的效应器，属于38个家族的77个Crinkler(CRN)，以及大量的质外体效应器，如植物毒素(PCF蛋白)和坏死诱导蛋白。与其他疫霉物种一样，许多RxLR和CRN基因的基因组环境不同于核心真核基因，这是双速基因组的一个标志。我们发现了与致病疫霉无毒基因Avr1、Avr3b、Avr4、Avrblb1和AvrSmira2同源的基因，表明1a分支和1c分支的致病疫霉的效应子序列是保守的。已报道的致病疫霉基因组序列和相关注释为发现来自分支1的其他疫霉物种的无毒基因提供了全面的资源，并将促进其他作物的效应者知情育种策略。
The oomycete pathogen Phytophthora cactorum causes crown rot, a major disease of cultivated strawberry. We report the draft genome of P. cactorum isolate 10300, isolated from symptomatic Fragaria x ananassa tissue. Our analysis revealed that there are a large number of genes encoding putative secreted effectors in the genome, including nearly 200 RxLR domain containing effectors, 77 Crinklers (CRN) grouped into 38 families, and numerous apoplastic effectors, such as phytotoxins (PcF proteins) and necrosis inducing proteins. As in other Phytophthora species, the genomic environment of many RxLR and CRN genes differed from core eukaryotic genes, a hallmark of the two-speed genome. We found genes homologous to known Phytophthora infestans avirulence genes including Avr1, Avr3b, Avr4, Avrblb1 and AvrSmira2 indicating effector sequence conservation between Phytophthora species of clade 1a and clade 1c. The reported P. cactorum genome sequence and associated annotations represent a comprehensive resource for avirulence gene discovery in other Phytophthora species from clade 1 and, will facilitate effector informed breeding strategies in other crops.
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