Digital-WGS: Automated, highly efficient whole-genome sequencing of single cells by digital microfluidics.
Digital-WGS: Automated, highly efficient whole-genome sequencing of single cells by digital microfluidics.
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Digital-WGS：通过数字微流体技术对单细胞进行自动化、高效的全基因组测序。
DOI：
10.1126/sciadv.abd6454
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发表时间：
2020-12
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Yang C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ruan Q;Ruan W;Lin X;Wang Y;Zou F;Zhou L;Zhu Z;Yang C
DIGITAL-WGS基于数字微流控技术实现高性能单细胞测序和自动处理。单细胞全基因组测序(WGS)对于描述DNA细胞间的动态变化至关重要。目前用于单细胞WGS的样品制备技术复杂、昂贵，且存在高扩增偏差和误差。在这里，我们描述了Digital-WGS，这是一个基于数字微流控技术的样品制备平台，它简化了高性能的单细胞WGS，并具有自动处理功能。使用该方法，我们通过湿式流体动力结构为任何数量和类型的细胞提供了高的单细胞捕获效率。在封闭的疏水界面中对液滴进行数字控制，可以完全去除外源DNA，充分裂解细胞，无损回收扩增片段，实现多尺度的低变异系数和高覆盖率。单细胞基因组变异图谱对拷贝数变异的检测最小为150kb，单核苷酸变异的等位基因丢失率为5.2%，为单细胞基因组学的广泛应用提供了广阔的前景。
Digital-WGS enables high-performance single-cell sequencing with automatic processing based on digital microfluidics. Single-cell whole-genome sequencing (WGS) is critical for characterizing dynamic intercellular changes in DNA. Current sample preparation technologies for single-cell WGS are complex, expensive, and suffer from high amplification bias and errors. Here, we describe Digital-WGS, a sample preparation platform that streamlines high-performance single-cell WGS with automatic processing based on digital microfluidics. Using the method, we provide high single-cell capture efficiency for any amount and types of cells by a wetted hydrodynamic structure. The digital control of droplets in a closed hydrophobic interface enables the complete removal of exogenous DNA, sufficient cell lysis, and lossless amplicon recovery, achieving the low coefficient of variation and high coverage at multiple scales. The single-cell genomic variations profiling performs the excellent detection of copy number variants with the smallest bin of 150 kb and single-nucleotide variants with allele dropout rate of 5.2%, holding great promise for broader applications of single-cell genomics.
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影响因子：
4.5
作者：
Marcy, Yann;Ishoey, Thomas;Lasken, Roger S.;Stockwell, Timothy B.;Walenz, Brian P.;Halpern, Aaron L.;Beeson, Karen Y.;Goldberg, Susanne M. D.;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrg.2017.15
发表时间：
2017-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Prakadan SM;Shalek AK;Weitz DA
通讯作者：
Weitz DA
影响因子：
8.8
作者：
Cai X;Evrony GD;Lehmann HS;Elhosary PC;Mehta BK;Poduri A;Walsh CA
通讯作者：
Walsh CA
影响因子：
64.5
作者：
Kim C;Gao R;Sei E;Brandt R;Hartman J;Hatschek T;Crosetto N;Foukakis T;Navin NE
通讯作者：
Navin NE