Near-cognate suppression of amber, opal and quadruplet codons competes with aminoacyl-tRNAPyl for genetic code expansion.
Near-cognate suppression of amber, opal and quadruplet codons competes with aminoacyl-tRNAPyl for genetic code expansion.
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DOI：
10.1016/j.febslet.2012.09.033
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发表时间：
2012-11-02
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Söll D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O'Donoghue P;Prat L;Heinemann IU;Ling J;Odoi K;Liu WR;Söll D
在自然界的蛋白质中发现了超过300种氨基酸，但通常只有20种是遗传编码的。重新分配终止密码子和使用四联体密码子成为遗传编码非经典氨基酸（NCAAs）的主要途径。具有近似同源反密码子的典型氨酰-tRNA也在一定程度上读取这些密码子。这种背景抑制导致“统计蛋白”，其中包含一些天然氨基酸（S）在一个网站打算为NCAA。我们表征了常见大肠杆菌实验室菌株中琥珀，蛋白石和四联体密码子的近同源抑制，并发现PylRS/tRNAPyl正交对不能完全胜过天然氨基酸的污染。
Over 300 amino acids are found in proteins in nature, yet typically only 20 are genetically encoded. Reassigning stop codons and use of quadruplet codons emerged as the main avenues for genetically encoding non-canonical amino acids (NCAAs). Canonical aminoacyl-tRNAs with near-cognate anticodons also read these codons to some extent. This background suppression leads to ‘statistical protein’ that contains some natural amino acid(s) at a site intended for NCAA. We characterize near-cognate suppression of amber, opal and a quadruplet codon in common Escherichia coli laboratory strains and find that the PylRS/tRNAPyl orthogonal pair cannot completely outcompete contamination by natural amino acids.
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作者：
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通讯作者：
RajBhandary, UL
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14.9
作者：
Herring, Stephanie;Ambrogelly, Alexandre;Polycarpo, Carla R.;Soll, Dieter
通讯作者：
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DOI：
10.1073/pnas.95.14.8165
发表时间：
1998-07-07
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作者：
Ito, K;Uno, M;Nakamura, Y
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Moore, B;Nelson, CC;Atkins, JF
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Atkins, JF
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作者：
Namy, Olivier;Zhou, Yu;Ambrogelly, Alexandre
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Ambrogelly, Alexandre