Successes and Failures of Static Aptamer-Target 3D Docking Models.
Successes and Failures of Static Aptamer-Target 3D Docking Models.
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DOI：
10.3390/ijms232214410
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发表时间：
2022-11-19
影响因子：
5.6
通讯作者：
Bruno JG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bruno JG
虽然分子动力学模拟程序对于预测适体及其同源配体的结合和亲和力可能是上级的，但是这样的分子动力学程序需要比科学界在互联网上更广泛访问的静态对接程序更多的计算能力和分析时间。静态对接程序可用于研究刚性DNA或RNA适体3D结构及其配体的几何拟合，以帮助预测各种潜在配体的相对亲和力和交叉反应性。在本文中，作者描述了这种静态3D对接分析何时工作良好，以产生有用的预测或确认高亲和力适体相互作用或成功的适体信标行为，以及何时工作不好。还讨论了静态3D计算机模型可能发生故障的原因分析。
While Molecular Dynamics simulation programs are probably superior for predicting the binding and affinity of aptamers and their cognate ligands, such molecular dynamics programs require more computing power and analysis time than static docking programs that are more widely accessible to the scientific community on the internet. Static docking programs can be used to investigate the geometric fit of rigid DNA or RNA aptamer 3D structures and their ligands to aid in predicting the relative affinities and cross-reactivity of various potential ligands. Herein, the author describes when such static 3D docking analysis has worked well to produce useful predictions or confirmation of high-affinity aptamer interactions or successful aptamer beacon behavior and when it has not worked well. The analysis of why failures may occur with static 3D computer models is also discussed.
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