HSPIR: a manually annotated heat shock protein information resource.
HSPIR: a manually annotated heat shock protein information resource.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts520
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发表时间：
2012-11-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
D'Silva P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
R RK;N S N;S P A;Sinha D;Veedin Rajan VB;Esthaki VK;D'Silva P
总结：热休克蛋白信息资源（Heat shock protein information resource，HSPIR）是一个包含6种主要热休克蛋白（heat shock proteins，HSP）（Hsp70、Hsp40、Hsp60、Hsp90、Hsp100和small HSP）的数据库。热休克蛋白是所有生物体生存所必需的，因为它们在暴露于各种应激条件下保护蛋白质的构象。它们是一组高度保守的蛋白质，参与多种生理功能，包括从头折叠，解聚和蛋白质运输。此外，它们在控制疾病进展方面的关键作用使其成为研究的主要目标。目前，有限的信息是关于热休克蛋白的识别和跨属的结构分类。在这个意义上，HSPIR提供了从UniProt、GenBank、蛋白质数据库和文献中提取的关于序列、结构、分类、本体、结构域组织、定位和可能的生物学功能的人工策划的信息。该数据库提供互动式搜索，并结合各种工具，从而加强了分析。HSPIR是研究HSPs结构、功能和进化的可靠资源。可用性：http://pdslab.biochem.iisc.ernet.in/hspir/联系：patrick@biochem.iisc.ernet.in补充信息：补充数据可在生物信息学在线。
Summary: Heat shock protein information resource (HSPIR) is a concerted database of six major heat shock proteins (HSPs), namely, Hsp70, Hsp40, Hsp60, Hsp90, Hsp100 and small HSP. The HSPs are essential for the survival of all living organisms, as they protect the conformations of proteins on exposure to various stress conditions. They are a highly conserved group of proteins involved in diverse physiological functions, including de novo folding, disaggregation and protein trafficking. Moreover, their critical role in the control of disease progression made them a prime target of research. Presently, limited information is available on HSPs in reference to their identification and structural classification across genera. To that extent, HSPIR provides manually curated information on sequence, structure, classification, ontology, domain organization, localization and possible biological functions extracted from UniProt, GenBank, Protein Data Bank and the literature. The database offers interactive search with incorporated tools, which enhances the analysis. HSPIR is a reliable resource for researchers exploring structure, function and evolution of HSPs. Availability: http://pdslab.biochem.iisc.ernet.in/hspir/ Contact: patrick@biochem.iisc.ernet.in Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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