PlaD: A Transcriptomics Database for Plant Defense Responses to Pathogens, Providing New Insights into Plant Immune System.
PlaD: A Transcriptomics Database for Plant Defense Responses to Pathogens, Providing New Insights into Plant Immune System.
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DOI：
10.1016/j.gpb.2018.08.002
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发表时间：
2018-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qi H;Jiang Z;Zhang K;Yang S;He F;Zhang Z
高通量转录组学技术被广泛用于研究植物防御反应过程中的转录重编程，并在公共数据库中积累了大量的基因表达数据。然而，由于缺乏标准的元数据注释，这些数据的利用常常受到阻碍。在这项研究中，我们从模式植物拟南芥和三种主要作物（玉米、水稻和小麦）中筛选了2444个公开的致病相关基因表达样本。我们将这些数据组织到一个用户友好的数据库中，称为PlaD。目前，PlaD包含三个关键特性。首先，它提供了与植物防御反应相关的大规模整理数据，包括基因表达和基因功能注释数据。其次，它提供了特定于条件的表达式概要的可视化。第三，它允许用户搜索各种病原体感染下的共调控基因。使用PlaD，我们进行了大规模的转录组分析，以探索整理数据中基因表达的全球格局。我们发现，只有一小部分基因在多种条件下存在差异表达，这可能与它们在基因网络中具有更多网络连接和更短网络距离的趋势有关。总之，我们希望PlaD能够成为植物科学界重要的、全面的知识库，为更好地理解植物免疫应答的分子机制提供有洞察力的线索。PlaD可在http://systbio.cau.edu.cn/plad/index.php或http://zzdlab.com/plad/index.php免费获得。
High-throughput transcriptomics technologies have been widely used to study plant transcriptional reprogramming during the process of plant defense responses, and a large quantity of gene expression data have been accumulated in public repositories. However, utilization of these data is often hampered by the lack of standard metadata annotation. In this study, we curated 2444 public pathogenesis-related gene expression samples from the model plant Arabidopsis and three major crops (maize, rice, and wheat). We organized the data into a user-friendly database termed as PlaD. Currently, PlaD contains three key features. First, it provides large-scale curated data related to plant defense responses, including gene expression and gene functional annotation data. Second, it provides the visualization of condition-specific expression profiles. Third, it allows users to search co-regulated genes under the infections of various pathogens. Using PlaD, we conducted a large-scale transcriptome analysis to explore the global landscape of gene expression in the curated data. We found that only a small fraction of genes were differentially expressed under multiple conditions, which might be explained by their tendency of having more network connections and shorter network distances in gene networks. Collectively, we hope that PlaD can serve as an important and comprehensive knowledgebase to the community of plant sciences, providing insightful clues to better understand the molecular mechanisms underlying plant immune responses. PlaD is freely available at http://systbio.cau.edu.cn/plad/index.php or http://zzdlab.com/plad/index.php.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
14.9
作者：
Andorf CM;Cannon EK;Portwood JL 2nd;Gardiner JM;Harper LC;Schaeffer ML;Braun BL;Campbell DA;Vinnakota AG;Sribalusu VV;Huerta M;Cho KT;Wimalanathan K;Richter JD;Mauch ED;Rao BS;Birkett SM;Sen TZ;Lawrence-Dill CJ
通讯作者：
Lawrence-Dill CJ
DOI：
10.1093/database/bau030
发表时间：
2014-04-10
影响因子：
5.8
作者：
Bolivar, Julio C.;Machens, Fabian;Hehl, Reinhard
通讯作者：
Hehl, Reinhard
影响因子：
64.5
作者：
Boyle EA;Li YI;Pritchard JK
通讯作者：
Pritchard JK
PlantTFDB 4.0：成为植物转录因子和调控相互作用的中心枢纽。
影响因子：
14.9
作者：
Jin J;Tian F;Yang DC;Meng YQ;Kong L;Luo J;Gao G
通讯作者：
Gao G