Rapid evolution of in vivo-selected sequences and structures replacing 20% of a subviral RNA.
Rapid evolution of in vivo-selected sequences and structures replacing 20% of a subviral RNA.
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快速％20进化％20的％20在％20体内选择的％20序列％20和％20结构％20替换％2020％％20的％20a％20亚病毒％20RNA。
DOI：
10.1016/j.virol.2015.04.002
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kushner,DavidB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Murawski,AllisonM;Nieves,JohnathanL;Chattopadhyay,Maitreyi;Young,MeganY;Szarko,Christine;Tajalli,HollehF;Azad,Tareq;Jean-Jacques,NinaB;Simon,AnneE;Kushner,DavidB
芜菁皱病毒 (TCV) 的 356 nt 非编码卫星 RNA C (satC) 由第二个 TCV satRNA (satD) 的 5' 序列和源自 TCV 的 3' 序列组成。 SHAPE 结构图谱显示，特征较差的 satD 衍生区域中的 76 nt 形成了延伸的发夹 (H2)。将其中 H2 替换为 76、38 或 19 个随机 nt 的 satC 池与 TCV 辅助病毒共同接种到植物上，并使用体内功能选择 (SELEX) 评估 satC 适应性。最有功能的子代 satC，包括与野生型一样的子代 satC，包含 38-39 nt H2 区域，该区域采用发夹结构，并表现出二聚体与单体分子比例增加。删除 H2 的 satC 的一些后代具有 38 nt 的重复，部分重建了删除。因此，H2 可以被 38-39 nt 发夹取代，足以保证 satC 5' 端的整体结构稳定性。
The 356 nt noncoding satellite RNA C (satC) ofTurnip crinkle virus(TCV) is composed of 5′ sequences from a second TCV satRNA (satD) and 3′ sequences derived from TCV. SHAPE structure mapping revealed that 76 nt in the poorly-characterized satD-derived region form an extended hairpin (H2). Pools of satC in which H2 was replaced with 76, 38, or 19 random nt were co-inoculated with TCV helper virus onto plants and satC fitness assessed usingin vivofunctional selection (SELEX). The most functional progeny satCs, including one as fit as wild-type, contained a 38–39 nt H2 region that adopted a hairpin structure and exhibited an increased ratio of dimeric to monomeric molecules. Some progeny of satC with H2 deleted featured a duplication of 38 nt, partially rebuilding the deletion. Therefore, H2 can be replaced by a 38–39 nt hairpin, sufficient for overall structural stability of the 5′ end of satC.
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--
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