High-throughput Phenotyping of Lung Cancer Somatic Mutations.
High-throughput Phenotyping of Lung Cancer Somatic Mutations.
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DOI：
10.1016/j.ccell.2016.06.022
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发表时间：
2016-08-08
期刊：
影响因子：
50.3
通讯作者：
Boehm JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Berger AH;Brooks AN;Wu X;Shrestha Y;Chouinard C;Piccioni F;Bagul M;Kamburov A;Imielinski M;Hogstrom L;Zhu C;Yang X;Pantel S;Sakai R;Watson J;Kaplan N;Campbell JD;Singh S;Root DE;Narayan R;Natoli T;Lahr DL;Tirosh I;Tamayo P;Getz G;Wong B;Doench J;Subramanian A;Golub TR;Meyerson M;Boehm JS
最近的基因组测序工作已经确定了癌症中数百万的体细胞突变。然而，大多数变体的功能影响知之甚少。在这里，我们描述了194例原发性肺腺癌中发现的体细胞突变。我们提出了一种基于表达的变体影响表型（eVIP）方法，该方法使用基因表达变化来区分中性体细胞突变。eVIP将69%的突变分析为有影响力的，31%为功能中性的。影响突变的子集诱导小鼠中异种移植肿瘤形成和/或赋予对细胞EGFR抑制的抗性。在这些有影响力的变体中，有罕见的体细胞、临床上可操作的变体，包括EGFR S645 C、ARAF S214 C和S214 F、ERBB 2 S418 T和多种BRAF变体，这表明罕见突变在癌症中可能具有重要的功能。
Recent genome sequencing efforts have identified millions of somatic mutations in cancer. However, the functional impact of most variants is poorly understood. Here we characterize 194 somatic mutations identified in primary lung adenocarcinomas. We present an expression-based variant impact phenotyping (eVIP) method that uses gene expression changes to distinguish impactful from neutral somatic mutations. eVIP identified 69% of mutations analyzed as impactful and 31% as functionally neutral. A subset of the impactful mutations induces xenograft tumor formation in mice and/or confers resistance to cellular EGFR inhibition. Among these impactful variants are rare somatic, clinically actionable variants including EGFR S645C, ARAF S214C and S214F, ERBB2 S418T, and multiple BRAF variants, demonstrating that rare mutations can be functionally important in cancer.
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影响因子：
64.5
作者：
Heidorn SJ;Milagre C;Whittaker S;Nourry A;Niculescu-Duvas I;Dhomen N;Hussain J;Reis-Filho JS;Springer CJ;Pritchard C;Marais R
通讯作者：
Marais R
影响因子：
158.5
作者：
Lynch, TJ;Bell, DW;Haber, DA
通讯作者：
Haber, DA
影响因子：
14.9
作者：
Malhotra D;Portales-Casamar E;Singh A;Srivastava S;Arenillas D;Happel C;Shyr C;Wakabayashi N;Kensler TW;Wasserman WW;Biswal S
通讯作者：
Biswal S
影响因子：
64.5
作者：
Davoli T;Xu AW;Mengwasser KE;Sack LM;Yoon JC;Park PJ;Elledge SJ
通讯作者：
Elledge SJ
DOI：
10.1073/pnas.1311909111
发表时间：
2014-01-21
影响因子：
11.1
作者：
Dunn, Gavin P.;Cheung, Hiu Wing;Hahn, William C.
通讯作者：
Hahn, William C.