dbEMT: an epithelial-mesenchymal transition associated gene resource.
dbEMT: an epithelial-mesenchymal transition associated gene resource.
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DOI：
10.1038/srep11459
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发表时间：
2015-06-23
影响因子：
4.6
通讯作者：
Qu H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhao M;Kong L;Liu Y;Qu H
上皮-间充质转化(EMT)作为上皮细胞向间充质细胞转化的细胞过程，在肿瘤的发生、发展和转移中发挥着重要作用。最近关于癌症转移的研究发现了许多控制这种转移的新的易感基因。然而，通过整合各种遗传学研究来研究EMT还没有全面的资源，EMT与癌症等复杂疾病的风险之间的关系仍然不清楚。为了研究子宫内膜癌的细胞复杂性，我们构建了第一个基于文献的用于探索子宫内膜癌相关基因的基因资源DBEMT(http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/)，)。我们从文献中手动整理了377个经过实验验证的基因。功能分析强调了蛋白多糖在肿瘤转移级联中的突出作用。此外，疾病丰富分析为阿尔茨海默病和2型糖尿病中受影响的组织或细胞的潜在转化提供了线索。此外，EMT相关基因在多种癌症中的全球突变模式可能揭示常见的癌症转移机制。我们进一步重建了EMT相关的蛋白质相互作用网络，揭示了一个高度模块化的结构。这些结果说明了DBEMT对我们理解细胞发育和肿瘤转移的重要性，也突显了DBEMT在阐明EMT相关基因功能方面的作用。
As a cellular process that changes epithelial cells to mesenchymal cells, Epithelial-mesenchymal transition (EMT) plays important roles in development and cancer metastasis. Recent studies on cancer metastasis have identified many new susceptibility genes that control this transition. However, there is no comprehensive resource for EMT by integrating various genetic studies and the relationship between EMT and the risk of complex diseases such as cancer are still unclear. To investigate the cellular complexity of EMT, we have constructed dbEMT (http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/), the first literature-based gene resource for exploring EMT-related human genes. We manually curated 377 experimentally verified genes from literature. Functional analyses highlighted the prominent role of proteoglycans in tumor metastatic cascades. In addition, the disease enrichment analysis provides a clue for the potential transformation in affected tissues or cells in Alzheimer’s disease and Type 2 Diabetes. Moreover, the global mutation pattern of EMT-related genes across multiple cancers may reveal common cancer metastasis mechanisms. Our further reconstruction of the EMT-related protein-protein interaction network uncovered a highly modular structure. These results illustrate the importance of dbEMT to our understanding of cell development and cancer metastasis, and also highlight the utility of dbEMT for elucidating the functions of EMT-related genes.
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影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp193
发表时间：
2009-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Du P;Feng G;Flatow J;Song J;Holko M;Kibbe WA;Lin SM
通讯作者：
Lin SM
影响因子：
11.2
作者：
Gao D;Vahdat LT;Wong S;Chang JC;Mittal V
通讯作者：
Mittal V
影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Araki M;Goto S;Hattori M;Hirakawa M;Itoh M;Katayama T;Kawashima S;Okuda S;Tokimatsu T;Yamanishi Y
通讯作者：
Yamanishi Y
影响因子：
3.7
作者：
Jin Y;Turaev D;Weinmaier T;Rattei T;Makse HA
通讯作者：
Makse HA