Genome-wide analysis of the cyclin gene family in tomato.
Genome-wide analysis of the cyclin gene family in tomato.
复制标题
番茄细胞周期蛋白基因家族的全基因组分析
DOI：
10.3390/ijms15010120
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发表时间：
2013-12-23
影响因子：
5.6
通讯作者：
Zhang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang T;Wang X;Lu Y;Cai X;Ye Z;Zhang J
细胞周期蛋白在细胞分裂和细胞增殖中起重要作用。它们还与细胞周期蛋白依赖性激酶相互作用以控制植物中的细胞周期进程。我们的全基因组分析确定了52个表达的番茄细胞周期蛋白基因。对番茄和拟南芥细胞周期蛋白基因推导的氨基酸序列进行系统发育分析，将其分为A-、B-、C-、D-、H-、L-、T-、U-、SDS-和J18等10种类型。Pfam分析表明，大多数番茄细胞周期蛋白含有一个周期蛋白N结构域。C-、H-和J18型仅含有一个cyclin-C结构域，U-型cyclins含有另一个潜在的cyclin结构域。所有的细胞周期蛋白基因分布在整个番茄基因组中，除了8号染色体，其中30个被发现是节段重复;他们被发现的重复片段的染色体1，2，3，4，5，6，10，11和12，表明番茄细胞周期蛋白基因经历了大量的节段重复。实时荧光定量聚合酶链反应分析表明，番茄细胞周期蛋白基因在营养生长期和生殖生长期的表达模式存在显著差异。外源赤霉素可以增强或抑制大多数细胞周期蛋白基因的转录，这表明赤霉素可能是细胞周期蛋白基因的直接调节剂。本研究为进一步研究番茄细胞周期蛋白的功能提供了参考。
Cyclins play important roles in cell division and cell expansion. They also interact with cyclin-dependent kinases to control cell cycle progression in plants. Our genome-wide analysis identified 52 expressed cyclin genes in tomato. Phylogenetic analysis of the deduced amino sequences of tomato and Arabidopsis cyclin genes divided them into 10 types, A-, B-, C-, D-, H-, L-, T-, U-, SDS- and J18. Pfam analysis indicated that most tomato cyclins contain a cyclin-N domain. C-, H- and J18 types only contain a cyclin-C domain, and U-type cyclins contain another potential cyclin domain. All of the cyclin genes are distributed throughout the tomato genome except for chromosome 8, and 30 of them were found to be segmentally duplicated; they are found on the duplicate segments of chromosome 1, 2, 3, 4, 5, 6, 10, 11 and 12, suggesting that tomato cyclin genes experienced a mass of segmental duplication. Quantitative real-time polymerase chain reaction analysis indicates that the expression patterns of tomato cyclin genes were significantly different in vegetative and reproductive stages. Transcription of most cyclin genes can be enhanced or repressed by exogenous application of gibberellin, which implies that gibberellin maybe a direct regulator of cyclin genes. The study presented here may be useful as a guide for further functional research on tomato cyclins.
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影响因子：
9.2
作者：
Achard, Patrick;Gusti, Andi;Genschik, Pascal
通讯作者：
Genschik, Pascal
DOI：
10.1073/pnas.2535513100
发表时间：
2003-12-23
影响因子：
11.1
作者：
Moore, RC;Purugganan, MD
通讯作者：
Purugganan, MD
影响因子：
3
作者：
JESTY, JHF;FRANCIS, D
通讯作者：
FRANCIS, D
影响因子：
4.3
作者：
Joubès, J;Walsh, D;Chevalier, C
通讯作者：
Chevalier, C
DOI：
10.1073/pnas.070430597
发表时间：
2000-04-11
影响因子：
11.1
作者：
Grant, D;Cregan, P;Shoemaker, RC
通讯作者：
Shoemaker, RC