Prediction of functional modules based on comparative genome analysis and Gene Ontology application.
Prediction of functional modules based on comparative genome analysis and Gene Ontology application.
复制标题
基于比较基因组分析和基因本体应用的功能模块的预测。
DOI：
10.1093/nar/gki573
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发表时间：
2005
影响因子：
14.9
通讯作者：
Xu, Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu, HW;Su, ZC;Mao, FL;Olman, V;Xu, Y
我们提出了一种预测微生物基因组编码功能模块的计算方法。在这项工作中，我们还开发了一种正式的度量来量化预测和已知模块之间的一致性程度，并对一致性度量进行了统计显著性分析。我们首先从系统发育分析、基因邻域分析和基因本体赋值三个不同的角度来评价两个基因之间的功能关系。然后，我们在贝叶斯推理的框架中结合这三种不同的信息来源，并使用组合的信息来衡量基因功能关系的强度。最后，采用基于阈值的方法对功能模块进行预测。将该方法应用于大肠杆菌K12，我们预测了185个功能模块。我们的预测与先前已知的大肠杆菌功能模块高度一致。应用结果表明，我们的方法在预测微生物基因组编码的功能模块方面具有很高的前景。
We present a computational method for the prediction of functional modules encoded in microbial genomes. In this work, we have also developed a formal measure to quantify the degree of consistency between the predicted and the known modules, and have carried out statistical significance analysis of consistency measures. We first evaluate the functional relationship between two genes from three different perspectives—phylogenetic profile analysis, gene neighborhood analysis and Gene Ontology assignments. We then combine the three different sources of information in the framework of Bayesian inference, and we use the combined information to measure the strength of gene functional relationship. Finally, we apply a threshold-based method to predict functional modules. By applying this method to Escherichia coli K12, we have predicted 185 functional modules. Our predictions are highly consistent with the previously known functional modules in E.coli. The application results have demonstrated that our approach is highly promising for the prediction of functional modules encoded in a microbial genome.
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