RawBeans: A Simple, Vendor-Independent, Raw-Data Quality-Control Tool.
RawBeans: A Simple, Vendor-Independent, Raw-Data Quality-Control Tool.
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RAWBEANS：一种简单的，独立的供应商，RAW-DATA质量控制工具。
DOI：
10.1021/acs.jproteome.0c00956
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发表时间：
2021-04-02
影响因子：
4.4
通讯作者：
Levin Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morgenstern D;Barzilay R;Levin Y
每个进行基于质谱的蛋白质组学的实验室都在努力生成高质量的数据。在影响蛋白质组学任何实验结果的众多因素中，LC-MS系统性能是其中之一，应在每个特定实验中进行长期监测。这个过程被称为质量控制（QC）。我们提出了一个易于使用的工具，可以快速生成一个可视化的，基于HTML的报告，其中包括监控LC-MS系统性能所需的关键参数，重点是监控实验中的性能。该工具名为RawBeans，可为单个文件或整个实验中的一组样本生成报告。我们预计，它将帮助蛋白质组学用户和专家评估独立于数据处理的原始数据质量。该工具位于。质谱蛋白质组学数据已通过PRIDE合作伙伴存储库存入ProteomeXchange Consortium，数据集标识符为PXD 022816。
Every laboratory performing mass-spectrometry-based proteomics strives to generate high-quality data. Among the many factors that impact the outcome of any experiment in proteomics is the LC–MS system performance, which should be monitored within each specific experiment and also long term. This process is termed quality control (QC). We present an easy-to-use tool that rapidly produces a visual, HTML-based report that includes the key parameters needed to monitor the LC–MS system performance, with a focus on monitoring the performance within an experiment. The tool, named RawBeans, generates a report for individual files or for a set of samples from a whole experiment. We anticipate that it will help proteomics users and experts evaluate raw data quality independent of data processing. The tool is available at . The mass-spectrometry proteomics data have been deposited to the ProteomeXchange Consortium via the PRIDE partner repository with the data set identifier PXD022816.
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影响因子：
4.4
作者：
Kinsinger, Christopher R.;Apffel, James;Rodriguez, Henry
通讯作者：
Rodriguez, Henry
影响因子：
4.4
作者：
Tabb, David L.;Vega-Montoto, Lorenzo;Rudnick, Paul A.;Variyath, Asokan Mulayath;Ham, Amy-Joan L.;Bunk, David M.;Kilpatrick, Lisa E.;Billheimer, Dean D.;Blackman, Ronald K.;Cardasis, Helene L.;Carr, Steven A.;Clauser, Karl R.;Jaffe, Jacob D.;Kowalski, Kevin A.;Neubert, Thomas A.;Regnier, Fred E.;Schilling, Birgit;Tegeler, Tony J.;Wang, Mu;Wang, Pei;Whiteaker, Jeffrey R.;Zimmerman, Lisa J.;Fisher, Susan J.;Gibson, Bradford W.;Kinsinger, Christopher R.;Mesri, Mehdi;Rodriguez, Henry;Stein, Stephen E.;Tempst, Paul;Paulovich, Amanda G.;Liebler, Daniel C.;Spiegelman, Cliff
通讯作者：
Spiegelman, Cliff
影响因子：
4.4
作者：
Bereman, Michael S.;Beri, Joshua;MacCoss, Michael J.
通讯作者：
MacCoss, Michael J.
DOI：
10.5702/massspectrometry.s0009
发表时间：
2013-01-01
期刊：
Mass spectrometry (Tokyo, Japan)
影响因子：
--
作者：
G Marshall, Alan;T Blakney, Greg;Xian, Feng
通讯作者：
Xian, Feng
DOI：
10.1074/mcp.m900223-mcp200
发表时间：
2010-02
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Rudnick PA;Clauser KR;Kilpatrick LE;Tchekhovskoi DV;Neta P;Blonder N;Billheimer DD;Blackman RK;Bunk DM;Cardasis HL;Ham AJ;Jaffe JD;Kinsinger CR;Mesri M;Neubert TA;Schilling B;Tabb DL;Tegeler TJ;Vega-Montoto L;Variyath AM;Wang M;Wang P;Whiteaker JR;Zimmerman LJ;Carr SA;Fisher SJ;Gibson BW;Paulovich AG;Regnier FE;Rodriguez H;Spiegelman C;Tempst P;Liebler DC;Stein SE
通讯作者：
Stein SE