Complete genome sequence and comparative metabolic profiling of the prototypical enteroaggregative Escherichia coli strain 042.
Complete genome sequence and comparative metabolic profiling of the prototypical enteroaggregative Escherichia coli strain 042.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0008801
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发表时间：
2010-01-20
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Henderson IR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chaudhuri RR;Sebaihia M;Hobman JL;Webber MA;Leyton DL;Goldberg MD;Cunningham AF;Scott-Tucker A;Ferguson PR;Thomas CM;Frankel G;Tang CM;Dudley EG;Roberts IS;Rasko DA;Pallen MJ;Parkhill J;Nataro JP;Thomson NR;Henderson IR
大肠杆菌可以经历多方面的生活，在某些情况下充当共生菌，而在其他情况下则引起肠道和/或肠外疾病。多项研究表明，肠聚集性大肠杆菌是发达国家大肠杆菌介导的腹泻的主要原因，仅次于弯曲杆菌。作为细菌介导的腹泻的原因。此外，肠聚集性大肠杆菌是发展中国家持续性腹泻的主要原因，在这些国家，感染与营养不良和生长迟缓有关。在这项研究中，我们确定了大肠杆菌 042 的完整基因组序列，它是肠聚集性大肠杆菌的典型成员，在志愿者研究中已被证明会导致疾病。我们与其他大肠杆菌菌株进行了基因组和系统发育比较，揭示了以前未表征的毒力因子，包括各种分泌蛋白和荚膜多糖生物合成位点。此外，通过使用 Biolog™ 表型微阵列，我们提供了大肠杆菌 042 和非致病性实验室菌株大肠杆菌 K-12 的完整代谢分析。我们强调了大肠杆菌 042 和大肠杆菌 K-12 之间许多代谢差异的遗传基础。这项研究为迄今为止发表的大量实验和流行病学数据提供了遗传背景，并为未来的诊断和干预策略提供了模板。
Escherichia coli can experience a multifaceted life, in some cases acting as a commensal while in other cases causing intestinal and/or extraintestinal disease. Several studies suggest enteroaggregative E. coli are the predominant cause of E. coli-mediated diarrhea in the developed world and are second only to Campylobacter sp. as a cause of bacterial-mediated diarrhea. Furthermore, enteroaggregative E. coli are a predominant cause of persistent diarrhea in the developing world where infection has been associated with malnourishment and growth retardation. In this study we determined the complete genomic sequence of E. coli 042, the prototypical member of the enteroaggregative E. coli, which has been shown to cause disease in volunteer studies. We performed genomic and phylogenetic comparisons with other E. coli strains revealing previously uncharacterised virulence factors including a variety of secreted proteins and a capsular polysaccharide biosynthetic locus. In addition, by using Biolog™ Phenotype Microarrays we have provided a full metabolic profiling of E. coli 042 and the non-pathogenic lab strain E. coli K-12. We have highlighted the genetic basis for many of the metabolic differences between E. coli 042 and E. coli K-12. This study provides a genetic context for the vast amount of experimental and epidemiological data published thus far and provides a template for future diagnostic and intervention strategies.
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DOI：
10.1016/j.bbapap.2008.11.005
发表时间：
2009-05
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Delcour AH
通讯作者：
Delcour AH
DOI：
10.1073/pnas.012602299
发表时间：
2002-01-22
影响因子：
11.1
作者：
Akerley, BJ;Rubin, EJ;Mekalanos, JJ
通讯作者：
Mekalanos, JJ
影响因子：
3.6
作者：
Brinkkötter, A;Klöss, H;Lengeler, JW
通讯作者：
Lengeler, JW
影响因子：
3.6
作者：
Dudley, Edward G.;Thomson, Nicholas R.;Nataro, James P.
通讯作者：
Nataro, James P.
影响因子：
5.2
作者：
Andrews, JM
通讯作者：
Andrews, JM