Structural basis of sequence-specific RNA recognition by the antiviral factor APOBEC3G.
Structural basis of sequence-specific RNA recognition by the antiviral factor APOBEC3G.
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DOI：
10.1038/s41467-022-35201-9
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发表时间：
2022-12-05
影响因子：
16.6
通讯作者：
Chen, Xiaojiang S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang, Hanjing;Kim, Kyumin;Li, Shuxing;Pacheco, Josue;Chen, Xiaojiang S.
通过抗病毒因子APOBEC3G限制HIV感染性的一个重要步骤是通过与HIV RNA结合将其整合到后代病毒粒子中。然而，APOBEC3G捕获病毒RNA的机制尚不清楚。在这里，我们报告了一个灵长类APOBEC3G与不同类型的RNA结合的晶体结构，揭示了APOBEC3G特异性识别未配对的5‘-AA-3’二核苷酸，并在较小程度上识别5‘-GA-3’二核苷酸。APOBEC3G通过非催化区域的芳香/疏水口袋与AA/GA基序中共同的3‘A结合。它通过非催化区和催化区之间的芳香/疏水沟槽与AA/GA基序中的5‘A或5’G结合。APOBEC3G的RNA结合特性与HIV核衣壳蛋白识别未配对鸟苷的特性不同。我们的发现表明，序列特异性RNA识别对于APOBEC3G病毒粒子包装和限制HIV传染性至关重要。APOBEC3G与RNA之间的相互作用是其抗病毒功能的关键。在这里，作者报告了猕猴APOBEC3G和RNA的四种共晶结构，表明不成对的AA和GA二核苷酸基序被优先识别。
An essential step in restricting HIV infectivity by the antiviral factor APOBEC3G is its incorporation into progeny virions via binding to HIV RNA. However, the mechanism of APOBEC3G capturing viral RNA is unknown. Here, we report crystal structures of a primate APOBEC3G bound to different types of RNAs, revealing that APOBEC3G specifically recognizes unpaired 5’-AA-3’ dinucleotides, and to a lesser extent, 5’-GA-3’ dinucleotides. APOBEC3G binds to the common 3’A in the AA/GA motifs using an aromatic/hydrophobic pocket in the non-catalytic domain. It binds to the 5’A or 5’G in the AA/GA motifs using an aromatic/hydrophobic groove conformed between the non-catalytic and catalytic domains. APOBEC3G RNA binding property is distinct from that of the HIV nucleocapsid protein recognizing unpaired guanosines. Our findings suggest that the sequence-specific RNA recognition is critical for APOBEC3G virion packaging and restricting HIV infectivity. Interaction between APOBEC3G and RNA is critical for its antiviral function. Here, the authors report four co-crystal structures of rhesus macaque APOBEC3G and RNA, demonstrating unpaired AA and GA dinucleotide motifs are preferentially recognized.
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DOI：
10.3390/v13030497
发表时间：
2021-03-17
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Chen XS
通讯作者：
Chen XS
影响因子：
16.6
作者：
Bohn JA;Thummar K;York A;Raymond A;Brown WC;Bieniasz PD;Hatziioannou T;Smith JL
通讯作者：
Smith JL
影响因子：
21.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
3.7
作者：
Belanger, Kasandra;Langlois, Marc-Andre
通讯作者：
Langlois, Marc-Andre