leeHom: adaptor trimming and merging for Illumina sequencing reads.
leeHom: adaptor trimming and merging for Illumina sequencing reads.
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DOI：
10.1093/nar/gku699
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发表时间：
2014-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kelso J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Renaud G;Stenzel U;Kelso J
对含有短于读段长度的分子的文库进行测序，例如在古代或法医应用中，可能导致产生包括衔接子的读段，以及产生彼此重叠的成对读段。处理此类读段的挑战是准确鉴定衔接子序列和准确重建最可能产生观察到的读段的原始序列。我们介绍了一种算法，去除衔接子和重建原始的DNA序列使用贝叶斯最大后验概率方法。我们的算法是更快的，并提供了一个更准确的模拟和古老的DNA数据集的原始序列的重建，比其他方法。leeHom是在GPL v3下发布的，可以从https://bioinf.eva.mpg.de/leehom/免费获得
The sequencing of libraries containing molecules shorter than the read length, such as in ancient or forensic applications, may result in the production of reads that include the adaptor, and in paired reads that overlap one another. Challenges for the processing of such reads are the accurate identification of the adaptor sequence and accurate reconstruction of the original sequence most likely to have given rise to the observed read(s). We introduce an algorithm that removes the adaptors and reconstructs the original DNA sequences using a Bayesian maximum a posteriori probability approach. Our algorithm is faster, and provides a more accurate reconstruction of the original sequence for both simulated and ancient DNA data sets, than other approaches. leeHom is released under the GPLv3 and is freely available from: https://bioinf.eva.mpg.de/leehom/
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DOI：
10.1126/science.1224344
发表时间：
2012-10-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Meyer M;Kircher M;Gansauge MT;Li H;Racimo F;Mallick S;Schraiber JG;Jay F;Prüfer K;de Filippo C;Sudmant PH;Alkan C;Fu Q;Do R;Rohland N;Tandon A;Siebauer M;Green RE;Bryc K;Briggs AW;Stenzel U;Dabney J;Shendure J;Kitzman J;Hammer MF;Shunkov MV;Derevianko AP;Patterson N;Andrés AM;Eichler EE;Slatkin M;Reich D;Kelso J;Pääbo S
通讯作者：
Pääbo S
影响因子：
14.9
作者：
Nakamura K;Oshima T;Morimoto T;Ikeda S;Yoshikawa H;Shiwa Y;Ishikawa S;Linak MC;Hirai A;Takahashi H;Altaf-Ul-Amin M;Ogasawara N;Kanaya S
通讯作者：
Kanaya S
来自阿尔泰山脉的尼安德特人的完整基因组序列。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt593
发表时间：
2014-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Zhang J;Kobert K;Flouri T;Stamatakis A
通讯作者：
Stamatakis A
影响因子：
3.7
作者：
Sawyer S;Krause J;Guschanski K;Savolainen V;Pääbo S
通讯作者：
Pääbo S