MetSign: a computational platform for high-resolution mass spectrometry-based metabolomics.
MetSign: a computational platform for high-resolution mass spectrometry-based metabolomics.
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DOI：
10.1021/ac2017025
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发表时间：
2011-10-15
影响因子：
7.4
通讯作者：
Zhang, Xiang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei, Xiaoli;Sun, Wenlong;Shi, Xue;Koo, Imhoi;Wang, Bing;Zhang, Jun;Yin, Xinmin;Tang, Yunan;Bogdanov, Bogdan;Kim, Seongho;Zhou, Zhanxiang;McClain, Craig;Zhang, Xiang
代谢组学中的数据分析目前是一个主要挑战，特别是当分析大样本集时。在此，我们提出了一种新的计算平台，名为MetSign的高分辨率质谱代谢组学。通过将仪器原始数据转换为mzXML格式作为其输入数据，MetSign提供了一套生物信息学工具来执行原始数据反卷积、代谢物推定分配、峰列表对齐、归一化、统计显著性检验、无监督模式识别和时间过程分析。MetSign采用模块化设计和交互式可视化数据挖掘方法，从数据集中高效提取有用的模式。分析步骤，设计为容器，提供了一个向导，供用户遵循分析。每个分析步骤可能包含多个分析程序和/或方法，并用作暂停点，用户可以与系统交互以查看结果，形成下一个步骤，并返回到先前的步骤以使用不同的方法或参数设置重复它们。用加标酸标准品对小鼠肝脏的代谢物提取物进行的分析表明，MetSign优于现有的制药可用软件包。MetSign也已成功应用于研究肝脏中代谢物的调节和时程轨迹。
Data analysis in metabolomics is currently a major challenge, particularly when large sample sets are analyzed. Herein, we present a novel computational platform entitled MetSign for high-resolution mass spectrometry-based metabolomics. By converting the instrument raw data into mzXML format as its input data, MetSign provides a suite of bioinformatics tools to perform raw data deconvolution, metabolite putative assignment, peak list alignment, normalization, statistical significance tests, unsupervised pattern recognition, and time course analysis. MetSign uses a modular design and an interactive visual data mining approach to enable efficient extraction of useful patterns from data sets. Analysis steps, designed as containers, are presented with a wizard for the user to follow analyses. Each analysis step might contain multiple analysis procedures and/or methods, and serves as a pausing point where users can interact with the system to review the results, to shape the next steps, and to return to previous steps to repeat them with different methods or parameter settings. Analysis of metabolite extract of mouse liver with spiked-in acid standards shows that MetSign outperforms the existing publically available software packages. MetSign has also been successfully applied to investigate the regulation and time course trajectory of metabolites in hepatic liver.
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影响因子：
3
作者：
Sturm M;Bertsch A;Gröpl C;Hildebrandt A;Hussong R;Lange E;Pfeifer N;Schulz-Trieglaff O;Zerck A;Reinert K;Kohlbacher O
通讯作者：
Kohlbacher O
影响因子：
2.1
作者：
Newton, MA;Noueiry, A;Ahlquist, P
通讯作者：
Ahlquist, P
DOI：
10.1007/978-1-61737-985-7_11
发表时间：
2011-01-01
期刊：
METABOLIC PROFILING: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Garcia, Antonia;Barbas, Coral
通讯作者：
Barbas, Coral
影响因子：
7.4
作者：
Mohamed, Rayane;Varesio, Emmanuel;Hopfgartner, Gerard
通讯作者：
Hopfgartner, Gerard
强直性脊柱炎的综合 GC-MS 和 LC-MS 血浆代谢组学分析
影响因子：
4.2
作者：
Gao, Peng;Lu, Chen;Xu, Guowang
通讯作者：
Xu, Guowang