DDBJ new system and service refactoring.
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DOI：
10.1093/nar/gks1152
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Takagi T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ogasawara O;Mashima J;Kodama Y;Kaminuma E;Nakamura Y;Okubo K;Takagi T
日本DNA数据库（DDBJ，http://www.ddbj.nig.ac.jp）维护一个主要的核苷酸序列数据库，并为研究人员提供生物信息的分析资源。该数据库内容在国际核苷酸序列数据库合作（INSDC）的框架内与美国国家生物技术信息中心（NCBI）和欧洲生物信息学研究所（EBI）交换。DDBJ提供的资源包括以27 316 452个条目或16 876 791 557个碱基对（截至2012年6月）的形式发布的传统核苷酸序列数据，以及序列读取存档（SRA）中新一代测序仪的原始读取。2012年7月31日，一名日本研究人员通过DDBJ-SRA发表了自己的基因组序列。为了科普持续的基因组数据洪流，在2012年3月，我们的计算机以前的系统完全被一个基于商品集群的系统所取代，该系统拥有122.5 TFlops的CPU容量和5 PB的存储空间。在这次升级期间，还认为必须更换和重构DDBJ软件系统的大部分内容。经过两年多的更换过程，我们在系统性能方面取得了显著改善。
The DNA data bank of Japan (DDBJ, http://www.ddbj.nig.ac.jp) maintains a primary nucleotide sequence database and provides analytical resources for biological information to researchers. This database content is exchanged with the US National Center for Biotechnology Information (NCBI) and the European Bioinformatics Institute (EBI) within the framework of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). Resources provided by the DDBJ include traditional nucleotide sequence data released in the form of 27 316 452 entries or 16 876 791 557 base pairs (as of June 2012), and raw reads of new generation sequencers in the sequence read archive (SRA). A Japanese researcher published his own genome sequence via DDBJ-SRA on 31 July 2012. To cope with the ongoing genomic data deluge, in March 2012, our computer previous system was totally replaced by a commodity cluster-based system that boasts 122.5 TFlops of CPU capacity and 5 PB of storage space. During this upgrade, it was considered crucial to replace and refactor substantial portions of the DDBJ software systems as well. As a result of the replacement process, which took more than 2 years to perform, we have achieved significant improvements in system performance.
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