Structure of the mouse metalloprotease meprin beta gene (Mep1b): alternative splicing in cancer cells.
Structure of the mouse metalloprotease meprin beta gene (Mep1b): alternative splicing in cancer cells.
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小鼠金属蛋白酶 meprin beta 基因 (Mep1b) 的结构：癌细胞中的选择性剪接。
DOI：
10.1016/s0378-1119(00)00143-8
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发表时间：
2000
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Bond,JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang,W;Kumar,JM;Matters,GL;Bond,JS
小鼠meprin β基因编码一种完整的膜蛋白酶，该蛋白酶在胚胎和成人上皮细胞以及癌细胞中以组织特异性的方式表达。meprin β mRNA在胚胎细胞、肾细胞和肠细胞中的表达量为2.5kb，而在癌细胞中的表达量为2.7kb。本文的工作是为了探索不同同种异构体的分子机制。利用聚合酶链反应从酵母人工染色体克隆中获得含有Mep1b基因的重叠片段。该基因全长约40kb，由18个外显子和17个内含子组成。前三个外显子是β ‘ mRNA的5 ’端所特有的；接下来的两个外显子对应于β mRNA的5 '端。其余的外显子（共13个）编码β和β’信息共有的区域。结合cDNA序列，基因结构确定了5 '外显子的选择性剪接负责mRNA同种异构体的产生。我们对β ‘和β特异性外显子之间以及第一个β ’外显子上游的DNA区域进行了完全测序，以确定β和β '转录的潜在调控元件。这两个区域之间存在显著的同源性，表明Mep1b基因在进化过程中发生了重复事件。通过与数据库中的序列比较，确定了潜在的启动子元件和转录因子结合位点。这是首次在所有物种中完成meprin亚基的基因结构。这项工作阐明了调节Mep1b基因差异表达的分子机制。
The mouse meprin β gene encodes an integral membrane protease that is expressed in a tissue-specific manner in embryonic and adult epithelial cells, and in carcinoma cells. The meprin β mRNA in the embryo, kidney and intestinal cells is 2.5kb, whereas the isoform in carcinoma cells (β′ mRNA) is 2.7kb. The work herein was initiated to explore the molecular mechanism responsible for the different isoforms. Overlapping fragments containing the Mep1b gene were obtained from a yeast artificial chromosome clone using polymerase chain reactions. The gene spans approximately 40kb and consists of 18 exons and 17 introns. The first three exons are unique to the 5′ end of β′ mRNA; the next two exons correspond to the 5′ end of β mRNA. The rest of the exons (13 total) encode the regions common to both β and β′ messages. In conjunction with the cDNA sequences, the gene structure establishes that alternative splicing of 5′ exons is responsible for the generation of the mRNA isoforms. The DNA regions between β′- and β-specific exons and upstream of the first β′ exon have been completely sequenced to identify potential regulatory elements for β and β′ transcription. There is significant homology between the two regions, indicating that a duplication event occurred during evolution of the Mep1b gene. Potential promoter elements and transcription factor-binding sites were identified from comparisons to sequences in the databanks. This is the first gene structure that has been completed for meprin subunits from all species. The work elucidates molecular mechanisms that regulate differential expression of the Mep1b gene.
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