KSHV episomes reveal dynamic chromatin loop formation with domain-specific gene regulation.
KSHV episomes reveal dynamic chromatin loop formation with domain-specific gene regulation.
复制标题
DOI：
10.1038/s41467-017-02089-9
复制
发表时间：
2018-01-04
影响因子：
16.6
通讯作者：
Izumiya Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Campbell M;Watanabe T;Nakano K;Davis RR;Lyu Y;Tepper CG;Durbin-Johnson B;Fujimuro M;Izumiya Y
由基因组环组织的染色质的三维结构促进RNA聚合酶II接近远端启动子。卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）裂解转录程序是由一个单一的病毒反式激活因子K-Rta启动的。在这里，我们报告了KSHV基因组结构及其与K-Rta募集位点的关系，使用捕获Hi-C分析。高分辨率的3D病毒基因组图谱可以识别许多直接的物理、长距离和动态的基因组相互作用。K-Rta反应元件（RE）中含有点突变的突变KSHV染色体不仅显著减弱了直接邻近的下游基因，而且还以结构域特异性方式减弱了远端基因表达。基因组环在K-Rta的存在下增加，而K-Rta结合的废除损害诱导型基因组环的形成，降低通过环形成网络的基因的表达，并减少KSHV复制。我们的研究表明，基因组结构动力学在疱疹病毒基因表达中起着至关重要的作用。基因组环及其时间动力学在DNA病毒基因表达中起着重要作用，但尚未完全了解。在这里，作者使用捕获Hi-C分析并确定由病毒反式激活因子K-Rta调节的KSHV的基因组结构动力学。
The three-dimensional structure of chromatin organized by genomic loops facilitates RNA polymerase II access to distal promoters. The Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) lytic transcriptional program is initiated by a single viral transactivator, K-Rta. Here we report the KSHV genomic structure and its relationship with K-Rta recruitment sites using Capture Hi–C analyses. High-resolution 3D viral genomic maps identify a number of direct physical, long-range, and dynamic genomic interactions. Mutant KSHV chromosomes harboring point mutations in the K-Rta responsive elements (RE) significantly attenuate not only the directly proximate downstream gene, but also distal gene expression in a domain-specific manner. Genomic loops increase in the presence of K-Rta, while abrogation of K-Rta binding impairs the formation of inducible genomic loops, decreases the expression of genes networked through the looping, and diminishes KSHV replication. Our study demonstrates that genomic architectural dynamics plays an essential role in herpesvirus gene expression. Genomic loops and their temporal dynamics play an important role in gene expression of DNA viruses, but are incompletely understood. Here, the authors use capture Hi-C analyses and identify genomic architectural dynamics of KSHV that are regulated by the viral transactivator K-Rta.
登录
查看更多内容
影响因子：
6.7
作者：
De Leo A;Chen HS;Hu CC;Lieberman PM
通讯作者：
Lieberman PM
DOI：
10.1038/nrm3949
发表时间：
2015-03
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Heinz S;Romanoski CE;Benner C;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
5.2
作者：
Guito J;Lukac DM
通讯作者：
Lukac DM
影响因子：
5.4
作者：
Chen, Horng-Shen;Wikramasinghe, Priyankara;Lieberman, Paul M.
通讯作者：
Lieberman, Paul M.
影响因子：
64.5
作者：
Deng W;Lee J;Wang H;Miller J;Reik A;Gregory PD;Dean A;Blobel GA
通讯作者：
Blobel GA