Performance comparison and evaluation of software tools for microRNA deep-sequencing data analysis.
Performance comparison and evaluation of software tools for microRNA deep-sequencing data analysis.
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microRNA深度测序数据分析软件工具的性能比较与评估
DOI：
10.1093/nar/gks043
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发表时间：
2012-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Shen B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Zhang Z;Liu F;Vongsangnak W;Jing Q;Shen B
随着下一代测序技术的发展，出现了许多用于发现新的microRNA（miRNAs）和分析miRNAs表达谱的软件工具。缺乏对这些不同软件工具的总体评价。在这项研究中，我们评估了八个软件工具的共同特点和关键算法的基础上。从不同物种收集了三个深度测序数据集，并用于评估检测已知miRNA的计算时间，灵敏度和准确性以及它们预测新型miRNA的能力。我们的研究结果为研究人员提供了有用的信息，以促进他们选择最佳的软件工具进行miRNA分析，这取决于他们的具体要求，即新的miRNA发现或测序数据集的miRNA表达谱分析。
With the development of next-generation sequencing (NGS) techniques, many software tools have emerged for the discovery of novel microRNAs (miRNAs) and for analyzing the miRNAs expression profiles. An overall evaluation of these diverse software tools is lacking. In this study, we evaluated eight software tools based on their common feature and key algorithms. Three deep-sequencing data sets were collected from different species and used to assess the computational time, sensitivity and accuracy of detecting known miRNAs as well as their capacity for predicting novel miRNAs. Our results provide useful information for researchers to facilitate their selection of the optimal software tools for miRNA analysis depending on their specific requirements, i.e. novel miRNAs discovery or miRNA expression profile analysis of sequencing data sets.
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