Tracking and interpreting long-range chromatin interactions with super-resolution live-cell imaging.
Tracking and interpreting long-range chromatin interactions with super-resolution live-cell imaging.
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用超分辨率活细胞成像跟踪和解释远距离染色质相互作用。
DOI：
10.1016/j.ceb.2020.11.002
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发表时间：
2021-06
影响因子：
7.5
通讯作者：
Hansen AS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brandão HB;Gabriele M;Hansen AS
哺乳动物的基因组是通过长距离染色质相互作用来组织和调节的。由CCCTC结合因子（CTCF）和粘附素形成的结构环将基因组折叠成结构域，而增强子与跨越巨大基因组距离的启动子相互作用以调节基因表达。虽然基因组学和固定细胞成像方法有助于阐明染色质相互作用的许多方面，但时间信息通常会丢失。在这里，我们讨论了三维超分辨率活细胞成像（SRLCI）如何解决染色质相互作用的动态形成和溶解的开放问题。我们讨论SRLCI实验设计，实施策略，数据解释和突出相关的陷阱。我们的结论是，虽然在技术上要求很高，SRLCI方法可能会成为一个关键的工具，动态探测3D基因组结构和功能，并研究增强子-启动子相互作用和染色质循环。
Mammalian genomes are organized and regulated through long-range chromatin interactions. Structural loops formed by CCCTC-binding factor (CTCF) and cohesin fold the genome into domains, while enhancers interact with promoters across vast genomic distances to regulate gene expression. Although genomics and fixed-cell imaging approaches help illuminate many aspects of chromatin interactions, temporal information is usually lost. Here, we discuss how 3D super-resolution live-cell imaging (SRLCI) can resolve open questions on the dynamic formation and dissolution of chromatin interactions. We discuss SRLCI experimental design, implementation strategies, and data interpretation and highlight associated pitfalls. We conclude that, while technically demanding, SRLCI approaches will likely emerge as a critical tool to dynamically probe 3D genome structure and function and to study enhancer–promoter interactions and chromatin looping.
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影响因子：
64.5
作者：
El Khattabi L;Zhao H;Kalchschmidt J;Young N;Jung S;Van Blerkom P;Kieffer-Kwon P;Kieffer-Kwon KR;Park S;Wang X;Krebs J;Tripathi S;Sakabe N;Sobreira DR;Huang SC;Rao SSP;Pruett N;Chauss D;Sadler E;Lopez A;Nóbrega MA;Aiden EL;Asturias FJ;Casellas R
通讯作者：
Casellas R
影响因子：
48
作者：
Grimm JB;Muthusamy AK;Liang Y;Brown TA;Lemon WC;Patel R;Lu R;Macklin JJ;Keller PJ;Ji N;Lavis LD
通讯作者：
Lavis LD
影响因子：
64.5
作者：
Deng W;Lee J;Wang H;Miller J;Reik A;Gregory PD;Dean A;Blobel GA
通讯作者：
Blobel GA
DOI：
10.1126/science.aao3136
发表时间：
2018-03-02
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gu B;Swigut T;Spencley A;Bauer MR;Chung M;Meyer T;Wysocka J
通讯作者：
Wysocka J
影响因子：
30.8
作者：
Akdemir, Kadir C.;Le, Victoria T.;Zhang, Cheng-Zhong
通讯作者：
Zhang, Cheng-Zhong