Scalable microfluidics for single-cell RNA printing and sequencing.
Scalable microfluidics for single-cell RNA printing and sequencing.
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DOI：
10.1186/s13059-015-0684-3
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发表时间：
2015-06-06
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sims PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bose S;Wan Z;Carr A;Rizvi AH;Vieira G;Pe'er D;Sims PA
许多重要的生物学问题需要大规模的单细胞转录组学研究。因此，迫切需要新的工具来高效、低成本地处理单个细胞的RNA。我们报道了一个简单的平台，它能够将单细胞裂解物捕获在密封的皮升微孔中，这些微孔能够将RNA印制在玻璃上或在磁珠上捕获RNA。然后，我们开发了一种用于全基因组单细胞RNA - Seq的可扩展技术。我们的装置从数百个单个细胞中生成混合文库，每个细胞的耗材成本为0.10 - 0.20美元，并且包含5个通道用于同时进行实验。我们预计该系统将作为单细胞成像和测序的通用平台。
本文的网络版（doi:10.1186/s13059 - 015 - 0684 - 3）包含补充材料，授权用户可获取。
Many important biological questions demand single-cell transcriptomics on a large scale. Hence, new tools are urgently needed for efficient, inexpensive manipulation of RNA from individual cells. We report a simple platform for trapping single-cell lysates in sealed, picoliter microwells capable of printing RNA on glass or capturing RNA on beads. We then develop a scalable technology for genome-wide, single-cell RNA-Seq. Our device generates pooled libraries from hundreds of individual cells with consumable costs of $0.10–$0.20 per cell and includes five lanes for simultaneous experiments. We anticipate that this system will serve as a general platform for single-cell imaging and sequencing. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-015-0684-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
48
作者：
Lubeck, Eric;Cai, Long
通讯作者：
Cai, Long
影响因子：
48
作者：
Raj, Arjun;van den Bogaard, Patrick;Rifkin, Scott A.;van Oudenaarden, Alexander;Tyagi, Sanjay
通讯作者：
Tyagi, Sanjay