CellTracer: a comprehensive database to dissect the causative multilevel interplay contributing to cell development trajectories.
CellTracer: a comprehensive database to dissect the causative multilevel interplay contributing to cell development trajectories.
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CellTracer：一个综合数据库，用于剖析促成细胞发育轨迹的因果多级相互作用
DOI：
10.1093/nar/gkac892
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Li, Xia
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guo, Qiuyan;Wang, Peng;Liu, Qian;Hao, Yangyang;Gao, Yue;Qi, Yue;Xu, Rongji;Chen, Hongyan;Xin, Mengyu;Wu, Xiaoting;Sun, Rui;Zhi, Hui;Zhang, Yunpeng;Ning, Shangwei;Li, Xia
摘要在肿瘤发展的复杂过程中，细胞的独特命运是由基因表达、网络调控和通路激活等多层次特征的微调驱动的。肿瘤微环境的动态形成影响治疗反应和临床结果。因此，表征发育景观并在多个水平上识别驱动特征将有助于我们了解单个细胞群中疾病的病理发展，并进一步促进精准医学。在这里，我们描述了一个数据库，CellTracer（http：//bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellTracer），其目的是剖析导致细胞发育轨迹的多层次相互作用。CellTracer由来自222个单细胞数据集的1 941 552个细胞的基因表达谱组成，并提供了表现出不同行为的不同细胞群体的发育轨迹。通过使用CellTracer，用户可以探索分子事件中的显著变化以及基因、生物背景、细胞特征和临床治疗之间的因果多级串扰，沿着不同的细胞发育轨迹。CellTracer还提供了12种灵活的工具来检索和分析基因表达，细胞簇分布，细胞发育轨迹，细胞状态变化及其在不同条件下的关系。总的来说，CellTracer将为研究促成细胞发育轨迹的因果多级相互作用提供全面的见解，并作为肿瘤微环境中生物标志物发现和治疗探索的基础资源。
Abstract During the complex process of tumour development, the unique destiny of cells is driven by the fine-tuning of multilevel features such as gene expression, network regulation and pathway activation. The dynamic formation of the tumour microenvironment influences the therapeutic response and clinical outcome. Thus, characterizing the developmental landscape and identifying driver features at multiple levels will help us understand the pathological development of disease in individual cell populations and further contribute to precision medicine. Here, we describe a database, CellTracer (http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellTracer), which aims to dissect the causative multilevel interplay contributing to cell development trajectories. CellTracer consists of the gene expression profiles of 1 941 552 cells from 222 single-cell datasets and provides the development trajectories of different cell populations exhibiting diverse behaviours. By using CellTracer, users can explore the significant alterations in molecular events and causative multilevel crosstalk among genes, biological contexts, cell characteristics and clinical treatments along distinct cell development trajectories. CellTracer also provides 12 flexible tools to retrieve and analyse gene expression, cell cluster distribution, cell development trajectories, cell-state variations and their relationship under different conditions. Collectively, CellTracer will provide comprehensive insights for investigating the causative multilevel interplay contributing to cell development trajectories and serve as a foundational resource for biomarker discovery and therapeutic exploration within the tumour microenvironment.
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影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
单细胞RNA测序，用于研究发育，生理和疾病。
DOI：
10.1038/s41581-018-0021-7
发表时间：
2018-08
期刊：
Nature reviews. Nephrology
影响因子：
--
作者：
Potter SS
通讯作者：
Potter SS
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium
影响因子：
30.5
作者：
Avni, O;Lee, D;Rao, A
通讯作者：
Rao, A
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ