ChemMine tools: an online service for analyzing and clustering small molecules.
ChemMine tools: an online service for analyzing and clustering small molecules.
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DOI：
10.1093/nar/gkr320
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Girke T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Backman TW;Cao Y;Girke T
ChemMine Tools 是一项用于小分子数据分析的在线服务。它为一组化学信息学和数据挖掘工具提供了一个 Web 界面，这些工具对于化学基因组学和药物发现中执行的各种分析例程非常有用。该服务还通过 R 库 ChemmineR 提供可编程访问选项。 ChemMine Tools 的主要功能分为五个主要应用领域：数据可视化、结构比较、相似性搜索、化合物聚类和化学性质预测。首先，用户可以将化合物数据集上传到在线化合物工作台。提供了许多实用程序用于复合查看、结构绘图和格式相互转换。其次，可以量化化合物之间的成对结构相似性。第三，超快速结构相似性搜索算法的接口可用于有效地挖掘公共领域的化学空间。其中包括指纹和嵌入/索引算法。第四，该服务包括一个聚类工具箱，它将化学信息算法与数据挖掘实用程序集成在一起，以实现对自定义化合物集的系统结构和基于活动的分析。第五，可以计算定制化合物组的物理化学性质描述符。这些描述符对于评估化合物的生物活性特征以及定量构效关系 (QSAR) 分析非常重要。 ChemMine 工具可从以下网址获取：http://chemmine.ucr.edu。
ChemMine Tools is an online service for small molecule data analysis. It provides a web interface to a set of cheminformatics and data mining tools that are useful for various analysis routines performed in chemical genomics and drug discovery. The service also offers programmable access options via the R library ChemmineR. The primary functionalities of ChemMine Tools fall into five major application areas: data visualization, structure comparisons, similarity searching, compound clustering and prediction of chemical properties. First, users can upload compound data sets to the online Compound Workbench. Numerous utilities are provided for compound viewing, structure drawing and format interconversion. Second, pairwise structural similarities among compounds can be quantified. Third, interfaces to ultra-fast structure similarity search algorithms are available to efficiently mine the chemical space in the public domain. These include fingerprint and embedding/indexing algorithms. Fourth, the service includes a Clustering Toolbox that integrates cheminformatic algorithms with data mining utilities to enable systematic structure and activity based analyses of custom compound sets. Fifth, physicochemical property descriptors of custom compound sets can be calculated. These descriptors are important for assessing the bioactivity profile of compounds in silico and quantitative structure—activity relationship (QSAR) analyses. ChemMine Tools is available at: http://chemmine.ucr.edu.
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