Protein co-evolution, co-adaptation and interactions.
Protein co-evolution, co-adaptation and interactions.
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DOI：
10.1038/emboj.2008.189
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发表时间：
2008-10-22
期刊：
影响因子：
11.4
通讯作者：
Valencia, Alfonso
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pazos, Florencio;Valencia, Alfonso
共同进化在物种进化中具有重要作用，在宿主-寄生虫和捕食者-猎物相互作用、共生和互惠等特定情况下明显表现出来。在分子水平上研究物种共同进化的概念和方法的外推，促进了各种计算方法的发展，这些计算方法能够通过共同进化的特征来预测蛋白质的相互作用。特别成功的是那些基于对具有相似进化历史的蛋白质家族对的检测在基因组水平上预测相互作用的方法（系统发育树的相似性：镜像树）。在这一领域的未来发展将需要更好地理解蛋白质家族共同进化的分子基础。因此，破译相互作用蛋白质的系统发育树中观察到的相似性的分子机制，将直接的特定分子相互作用与其他一般功能限制区分开来，将是很重要的。特别重要的是，将蛋白质复合体内部物理相互作用的影响（“共同适应”）与其他力量区分开来，这些力量以一种不太具体的方式也可以创造共同进化的一般模式。
Co-evolution has an important function in the evolution of species and it is clearly manifested in certain scenarios such as host–parasite and predator–prey interactions, symbiosis and mutualism. The extrapolation of the concepts and methodologies developed for the study of species co-evolution at the molecular level has prompted the development of a variety of computational methods able to predict protein interactions through the characteristics of co-evolution. Particularly successful have been those methods that predict interactions at the genomic level based on the detection of pairs of protein families with similar evolutionary histories (similarity of phylogenetic trees: mirrortree). Future advances in this field will require a better understanding of the molecular basis of the co-evolution of protein families. Thus, it will be important to decipher the molecular mechanisms underlying the similarity observed in phylogenetic trees of interacting proteins, distinguishing direct specific molecular interactions from other general functional constraints. In particular, it will be important to separate the effects of physical interactions within protein complexes (‘co-adaptation') from other forces that, in a less specific way, can also create general patterns of co-evolution.
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DOI：
10.1073/pnas.0402591101
发表时间：
2004-06-15
影响因子：
11.1
作者：
Fraser, HB;Hirsh, AE;Eisen, MB
通讯作者：
Eisen, MB
影响因子：
3
作者：
Craig, Roger A.;Liao, Li
通讯作者：
Liao, Li
影响因子：
11.4
作者：
Fryxell, KJ
通讯作者：
Fryxell, KJ
影响因子：
10.7
作者：
Drummond, DA;Raval, A;Wilke, CO
通讯作者：
Wilke, CO
影响因子：
12.3
作者：
Bowers PM;Pellegrini M;Thompson MJ;Fierro J;Yeates TO;Eisenberg D
通讯作者：
Eisenberg D