Three-dimensional neurophenotyping of adult zebrafish behavior.
Three-dimensional neurophenotyping of adult zebrafish behavior.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0017597
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发表时间：
2011-03-07
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kalueff AV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cachat J;Stewart A;Utterback E;Hart P;Gaikwad S;Wong K;Kyzar E;Wu N;Kalueff AV
成年斑马鱼(Danio Rerio)在神经行为研究中的应用正在迅速扩大。目前的大规模研究应用了最新的视频跟踪和数据挖掘技术来进一步研究斑马鱼焦虑样的表型。在这里，我们生成了斑马鱼运动的时间和空间三维(3D)重建，全局评估了几种引起焦虑和缓解焦虑的操作所引起的行为特征，将单个端点映射到3D重建，并进行了聚类分析，以重新确认高焦虑和低焦虑状态的行为相关性。三维游泳路径重建的应用整合了行为数据(同时增加了数据密度)，并为检测和表示斑马鱼的行为提供了一种新的方法。它还能够快速优化视频跟踪设置，以提高自动化参数的量化，并表明斑马鱼游泳活动的时空组织可以受到各种实验操作的影响，这种影响可以根据斑马鱼的焦虑性或焦虑性预测。我们的方法显著增强了斑马鱼行为分析的能力，为成年斑马鱼行为的高通量3D表型提供了创新的框架。
The use of adult zebrafish (Danio rerio) in neurobehavioral research is rapidly expanding. The present large-scale study applied the newest video-tracking and data-mining technologies to further examine zebrafish anxiety-like phenotypes. Here, we generated temporal and spatial three-dimensional (3D) reconstructions of zebrafish locomotion, globally assessed behavioral profiles evoked by several anxiogenic and anxiolytic manipulations, mapped individual endpoints to 3D reconstructions, and performed cluster analysis to reconfirm behavioral correlates of high- and low-anxiety states. The application of 3D swim path reconstructions consolidates behavioral data (while increasing data density) and provides a novel way to examine and represent zebrafish behavior. It also enables rapid optimization of video tracking settings to improve quantification of automated parameters, and suggests that spatiotemporal organization of zebrafish swimming activity can be affected by various experimental manipulations in a manner predicted by their anxiolytic or anxiogenic nature. Our approach markedly enhances the power of zebrafish behavioral analyses, providing innovative framework for high-throughput 3D phenotyping of adult zebrafish behavior.
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影响因子：
2.7
作者：
Egan, Rupert J.;Bergner, Carisa L.;Hart, Peter C.;Cachat, Jonathan M.;Canavello, Peter R.;Elegante, Marco F.;Elkhayat, Salem I.;Bartels, Brett K.;Tien, Anna K.;Tien, David H.;Mohnot, Sopan;Beeson, Esther;Glasgow, Eric;Amri, Hakima;Zukowska, Zofia;Kalueff, Allan V.
通讯作者：
Kalueff, Allan V.
影响因子：
8.2
作者：
Choleris, E;Thomas, AW;Prato, FS
通讯作者：
Prato, FS
影响因子：
5.4
作者：
Delcourt, Johann;Becco, Christophe;Poncin, Pascal
通讯作者：
Poncin, Pascal
影响因子：
2.6
作者：
Bleakley, Bronwyn H.;Martell, Christopher M.;Brodie, Edmund D., III
通讯作者：
Brodie, Edmund D., III
影响因子：
2.9
作者：
Eddins, Donnie;Cerutti, Daniel;Williams, Paul;Linney, Elwood;Levin, Edward D.
通讯作者：
Levin, Edward D.