Genome-wide transcriptional profiling and enrichment mapping reveal divergent and conserved roles of Sko1 in the Candida albicans osmotic stress response.
Genome-wide transcriptional profiling and enrichment mapping reveal divergent and conserved roles of Sko1 in the Candida albicans osmotic stress response.
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DOI：
10.1016/j.ygeno.2013.06.002
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发表时间：
2013-10
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Rauceo, Jason M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marotta, Dawn H.;Nantel, Andre;Sukala, Leonid;Teubl, Jennifer R.;Rauceo, Jason M.
白色念珠菌在人类中维持共生状态和致病状态。在这里，我们定义了转录因子 Sko1 介导的基因组对渗透应激的反应。我们对遭受渗透胁迫的 sko1Δ/Δ 突变株进行了微阵列分析，并利用基因序列富集分析和富集作图来鉴定 Sko1 依赖性渗透胁迫反应基因。我们发现 Sko1 调节具有核糖体合成、线粒体功能和液泡运输功能的不同基因类别。我们的计算机分析表明 Sko1 可能识别两个独特的 DNA 结合基序。我们的白色念珠菌基因组分析和酿酒酵母互补研究表明，Sko1 作为碳水化合物代谢、氧化还原代谢和甘油合成的调节因子是保守的。此外，我们的实时 qPCR 结果表明，依赖于激酶 Hog1 的渗透应激反应基因也需要 Sko1 才能完全表达。我们的研究结果揭示了 Sko1 依赖性渗透应激信号传导的不同和保守方面。
Candida albicans maintains both commensal and pathogenic states in humans. Here, we have defined the genomic response to osmotic stress mediated by transcription factor Sko1. We performed microarray analysis of a sko1Δ/Δ mutant strain subjected to osmotic stress, and we utilized gene sequence enrichment analysis and enrichment mapping to identify Sko1-dependent osmotic stress-response genes. We found that Sko1 regulates distinct gene classes with functions in ribosomal synthesis, mitochondrial function, and vacuolar transport. Our in silico analysis suggests that Sko1 may recognize two unique DNA binding motifs. Our C. albicans genomic analyses and complementation studies in Saccharomyces cerevisiae showed that Sko1 is conserved as a regulator of carbohydrate metabolism, redox metabolism, and glycerol synthesis. Further, our real time-qPCR results showed that osmotic stress-response genes that are dependent on the kinase Hog1 also require Sko1 for full expression. Our findings reveal divergent and conserved aspects of Sko1-dependent osmotic stress signaling.
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