Update of KDBI: Kinetic Data of Bio-molecular Interaction database.
Update of KDBI: Kinetic Data of Bio-molecular Interaction database.
复制标题
KDBI更新：生物分子相互作用动力学数据数据库
DOI：
10.1093/nar/gkn839
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chen YZ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kumar P;Han BC;Shi Z;Jia J;Wang YP;Zhang YT;Liang L;Liu QF;Ji ZL;Chen YZ
生物分子相互作用动力学的知识对于促进细胞过程和潜在分子事件的研究是重要的，并且对于生物系统的定量研究和模拟是必不可少的。生物分子相互作用动力学数据库（KDBI）已开发用于提供有关文献中描述的蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-配体、核酸-配体结合或反应事件的实验确定的动力学数据的信息。为了适应日益增长的研究和模拟生物系统的需求，对KDBI进行了许多改进和更新，包括通过途径和分子名称访问数据的新方法，系统生物学标记语言格式的数据文件，更有效的搜索引擎，访问63种途径的模拟模型的已发布参数集，数据量增加了2.3倍（19263个条目，10532个独特的生物分子结合和11954个相互作用事件，涉及2635个蛋白质/蛋白质复合物，847个核酸，1603个小分子和45个多步骤过程）。KDBI可在http://bidd.nus.edu.sg/group/kdbi/kdbi.asp上免费获得。
Knowledge of the kinetics of biomolecular interactions is important for facilitating the study of cellular processes and underlying molecular events, and is essential for quantitative study and simulation of biological systems. Kinetic Data of Bio-molecular Interaction database (KDBI) has been developed to provide information about experimentally determined kinetic data of protein–protein, protein–nucleic acid, protein–ligand, nucleic acid–ligand binding or reaction events described in the literature. To accommodate increasing demand for studying and simulating biological systems, numerous improvements and updates have been made to KDBI, including new ways to access data by pathway and molecule names, data file in System Biology Markup Language format, more efficient search engine, access to published parameter sets of simulation models of 63 pathways, and 2.3-fold increase of data (19 263 entries of 10 532 distinctive biomolecular binding and 11 954 interaction events, involving 2635 proteins/protein complexes, 847 nucleic acids, 1603 small molecules and 45 multi-step processes). KDBI is publically available at http://bidd.nus.edu.sg/group/kdbi/kdbi.asp.
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