New insights about the regulation of Nidovirus subgenomic mRNA synthesis.
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DOI：
10.1016/j.virol.2018.01.026
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发表时间：
2018-04
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Brinton MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Di H;McIntyre AA;Brinton MA
巢状病毒目的成员具有相似的基因组结构，在5′ 2/3编码两个重叠的非结构多聚蛋白，在3′ 3/3编码结构蛋白。它们还表达来自一组嵌套的3′共末端亚基因组信使RNA（sg mRNAs）的3′区蛋白。一些但不是所有的巢病毒sg mRNAs也有一个共同的5′前导序列，该序列通过多个3′体转录调节序列（TRS）和5′前导TRS调节的不连续RNA合成机制获得。最初的研究发现每个3′ sg mRNA都有一个主要的TRS，并报道了一些替代的功能性TRS。最近应用先进的技术，如新一代测序和核糖体分析，在动脉炎病毒和冠状病毒的研究中，揭示了一个扩大的sg mRNA转录组和编码能力。巢状病毒的一些基因由一套嵌套的3′共末端sg mRNAs表达。一些但不是所有巢状病毒的sg mRNA具有共同的5′前导序列。基因组中的转录调控序列是过早终止减去stand终止的位点。在一些3′ORFs中发现了多个交替的转录调控序列。下一代测序和核糖体分析确定了额外的编码能力。
The members of the Order Nidovirales share a similar genome organization with two overlapping nonstructural polyproteins encoded in the 5′ two-thirds and the structural proteins encoded in the 3′ third. They also express their 3′ region proteins from a nested set of 3′ co-terminal subgenomic messenger RNAs (sg mRNAs). Some but not all of the Nidovirus sg mRNAs also have a common 5′ leader sequence that is acquired by a discontinuous RNA synthesis mechanism regulated by multiple 3′ body transcription regulating sequences (TRSs) and the 5′ leader TRS. Initial studies detected a single major body TRS for each 3′ sg mRNA with a few alternative functional TRSs reported. The recent application of advanced techniques, such as next generation sequencing and ribosomal profiling, in studies of arteriviruses and coronaviruses has revealed an expanded sg mRNA transcriptome and coding capacity. Nidoviruses express some of their genes from a nested set of 3′ co-terminal sg mRNAs. The sg mRNAs of some but not all Nidoviruses have a common 5′ leader sequence. Transcription regulating sequences in the genome are sites of premature minus stand termination. Multiple alternative transcriptional regulating sequences were identified for some 3′ORFs. Next generation sequencing and ribosomal profiling identified additional coding capacity.
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