HHrep: de novo protein repeat detection and the origin of TIM barrels.
HHrep: de novo protein repeat detection and the origin of TIM barrels.
复制标题
HHREP：从头蛋白重复检测和蒂姆桶的起源。
DOI：
10.1093/nar/gkl130
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Biegert, Andreas
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Soeding, Johannes;Remmert, Michael;Biegert, Andreas
HHrep是一个网络服务器，用于从头识别蛋白质序列中的重复序列，这是基于轮廓隐马尔可夫模型（HHRM）的成对比较。它的主要优势是它的灵敏度，使它能够检测蛋白质序列中高度不同的重复单元，这些重复单元只能从它们的结构中检测到。实例包括具有β-螺旋桨折叠、铁氧还蛋白样折叠、双psi桶或（βα）8（TIM）桶的序列。我们说明了这一点，从四个超家族的TIM桶揭示了一个明确的4倍和8倍的对称性，我们只检测到他们的序列。这种对称性可能是通过复制βαβα或βα单位而得到的古代起源的痕迹。HHrep可以在访问。
HHrep is a web server for the de novo identification of repeats in protein sequences, which is based on the pairwise comparison of profile hidden Markov models (HMMs). Its main strength is its sensitivity, allowing it to detect highly divergent repeat units in protein sequences whose repeats could as yet only be detected from their structures. Examples include sequences with β-propellor fold, ferredoxin-like fold, double psi barrels or (βα)8 (TIM) barrels. We illustrate this with proteins from four superfamilies of TIM barrels by revealing a clear 4- and 8-fold symmetry, which we detect solely from their sequences. This symmetry might be the trace of an ancient origin through duplication of a βαβα or βα unit. HHrep can be accessed at .
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