FlyFactorSurvey: a database of Drosophila transcription factor binding specificities determined using the bacterial one-hybrid system.
FlyFactorSurvey: a database of Drosophila transcription factor binding specificities determined using the bacterial one-hybrid system.
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DOI：
10.1093/nar/gkq858
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brodsky MH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu LJ;Christensen RG;Kazemian M;Hull CJ;Enuameh MS;Basciotta MD;Brasefield JA;Zhu C;Asriyan Y;Lapointe DS;Sinha S;Wolfe SA;Brodsky MH
FlyFactorSurvey (http://pgfe.umassmed.edu/TFDBS/) 是一个果蝇转录因子 (TF) DNA 结合特异性的数据库，主要使用细菌单杂交系统确定。该数据库为社区提供了对 400 多个识别主题和 200 多个 TF 的位置权重矩阵的访问，其中包括许多未发布的主题。提供搜索工具和平面文件下载来检索单个TF、TF组或具有表征结合特异性的所有TF的结合位点信息（作为序列、矩阵和序列标识）。链接分析工具允许用户识别我们数据库中与查询矩阵具有相似性的基序，或者查看整个果蝇基因组中单个基序的出现分布。该数据库及其相关工具共同为计算和实验生物学家提供了预测果蝇转录因子和目标顺式调控序列之间相互作用的资源。
FlyFactorSurvey (http://pgfe.umassmed.edu/TFDBS/) is a database of DNA binding specificities for Drosophila transcription factors (TFs) primarily determined using the bacterial one-hybrid system. The database provides community access to over 400 recognition motifs and position weight matrices for over 200 TFs, including many unpublished motifs. Search tools and flat file downloads are provided to retrieve binding site information (as sequences, matrices and sequence logos) for individual TFs, groups of TFs or for all TFs with characterized binding specificities. Linked analysis tools allow users to identify motifs within our database that share similarity to a query matrix or to view the distribution of occurrences of an individual motif throughout the Drosophila genome. Together, this database and its associated tools provide computational and experimental biologists with resources to predict interactions between Drosophila TFs and target cis-regulatory sequences.
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影响因子：
12.3
作者：
Berman BP;Pfeiffer BD;Laverty TR;Salzberg SL;Rubin GM;Eisen MB;Celniker SE
通讯作者：
Celniker SE
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作者：
Berger, Michael F.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.
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作者：
Li XY;MacArthur S;Bourgon R;Nix D;Pollard DA;Iyer VN;Hechmer A;Simirenko L;Stapleton M;Luengo Hendriks CL;Chu HC;Ogawa N;Inwood W;Sementchenko V;Beaton A;Weiszmann R;Celniker SE;Knowles DW;Gingeras T;Speed TP;Eisen MB;Biggin MD
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Biggin MD
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作者：
Meng, XD;Brodsky, MH;Wolfe, SA
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Wolfe, SA
影响因子：
46.9
作者：
Roulet, E;Busso, S;Bucher, P
通讯作者：
Bucher, P