RetroScan: An Easy-to-Use Pipeline for Retrocopy Annotation and Visualization.
RetroScan: An Easy-to-Use Pipeline for Retrocopy Annotation and Visualization.
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RetroScan：用于回顾注释和可视化的易于使用的管道
DOI：
10.3389/fgene.2021.719204
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发表时间：
2021
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei Z;Sun J;Li Q;Yao T;Zeng H;Wang Y
反转录，被认为是“垃圾基因”，偶尔通过在基因组中的新位置插入逆转录的mRNA而形成。然而，最近越来越多的研究表明，一些逆转录表现出新的生物学功能，并可能有助于基因组的进化。因此，鉴定反转录拷贝对于研究基因复制和新基因的产生具有重要意义。当前的流水线通过使用对齐程序和过滤脚本的复杂操作以逐步的方式识别回录。因此，迫切需要一种简单方便的回溯注释工具。在这里，我们报告RetroScan的发展，一个公开的和易于使用的工具，用于扫描，注释和显示追溯，由两个组件组成：分析管道和可视化界面。该管道集成了一系列生物信息学软件程序和脚本，只需一行命令即可识别追溯副本。与以前的方法相比，RetroScan提高了准确性并减少了假阳性结果。我们还提供了一个用于可视化的Shiny应用程序。它显示了关于逆转录及其亲本基因的信息，可用于逆转录结构和进化的研究。RetroScan可从https://github.com/Vicky123wzy/RetroScan获得。
Retrocopies, which are considered “junk genes,” are occasionally formed via the insertion of reverse-transcribed mRNAs at new positions in the genome. However, an increasing number of recent studies have shown that some retrocopies exhibit new biological functions and may contribute to genome evolution. Hence, the identification of retrocopies has become very meaningful for studying gene duplication and new gene generation. Current pipelines identify retrocopies through complex operations using alignment programs and filter scripts in a step-by-step manner. Therefore, there is an urgent need for a simple and convenient retrocopy annotation tool. Here, we report the development of RetroScan, a publicly available and easy-to-use tool for scanning, annotating and displaying retrocopies, consisting of two components: an analysis pipeline and a visual interface. The pipeline integrates a series of bioinformatics software programs and scripts for identifying retrocopies in just one line of command. Compared with previous methods, RetroScan increases accuracy and reduces false-positive results. We also provide a Shiny app for visualization. It displays information on retrocopies and their parental genes that can be used for the study of retrocopy structure and evolution. RetroScan is available at https://github.com/Vicky123wzy/RetroScan.
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DOI：
10.1038/nrg2487
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Matsumoto, T;Wu, JZ;Sugiura, M
通讯作者：
Sugiura, M
影响因子：
7
作者：
Kielbasa, Szymon M.;Wan, Raymond;Frith, Martin C.
通讯作者：
Frith, Martin C.
影响因子：
7
作者：
Carelli FN;Hayakawa T;Go Y;Imai H;Warnefors M;Kaessmann H
通讯作者：
Kaessmann H
影响因子：
5.8
作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.